Недостаток в средствах у Миклухи-Маклая был настолько велик, что, когда настало время возвращения на родину, ему пришлось прибегнуть к помощи местных русских консулов и занять у них небольшие суммы. И все же, несмотря на все неблагоприятные условия, он собрал интереснейший материал по вопросам сравнительной анатомии и зоологии, на основании которого сделал доклад на заседании Русского географического общества в Петербурге.
В Россию Миклуха-Маклай возвращался через Турцию. В Константинополе русский консул выразил желание оказать ему какую-нибудь услугу. Непритязательный путешественник ограничился тем, что попросил отдать в стирку его белье. Консул, не представлявший себе условий, в каких приходилось существовать Миклухе-Маклаю, счел эту просьбу за насмешку.
Из Константинополя Миклуха-Маклай приехал в Одессу, а затем отправился на южный берег Крыма. Прожив там некоторое время и собрав необходимый научный материал, он выехал на Волгу, чтобы продолжать там работу по изучению мозга хрящевых рыб.
С Волги Миклуха-Маклай отправился в Москву, где в то время происходил второй съезд русских естествоиспытателей и врачей. На съезде он выступил с докладом, в котором доказывал необходимость организации зоологических морских станций на Белом, Балтийском, Черном и Каспийском морях, а если возможно, то и на берегах Тихого океана — во Владивостоке, на Сахалине и на Камчатке. Он указывал, какое огромное значение в народном хозяйстве может иметь такая сеть морских станций, не говоря уже об их научном интересе.
Это выступление Миклухи-Маклая не прошло бесследно. На съезде молодой ученый обрел горячих сторонников, и через несколько лет Общество любителей естествознания по инициативе профессора А. П. Богданова, стало усиленно собирать коллекции низших животных в Черном и Балтийском морях; позже были основаны две зоологические морские станции — в Севастополе и на Соловецких островах. В настоящее время таких станций в Советском Союзе имеется двенадцать: восемь по побережью Черного моря две на Каспийском, одна на Северном и одна во Владивостоке.
Из Москвы Миклуха-Маклай отправился в Петербург. К этому времени у него созрел грандиозный план научного исследования берегов Тихого океана; там он надеялся, во-первых, найти ответы на некоторые вопросы относительно эволюции животного мира вообще, а во-вторых, решить основную проблему, стоявшую в то время перед всеми антропологами, — проблему о происхождении и развитии человеческих рас.
В антропологии существовали тогда два направления, сторонники которых вели между собой жестокую борьбу. Одни — моногенисты — утверждали, что человеческие расы произошли от одного ствола, другие — полигенисты— пытались доказывать, что человеческие расы произошли от нескольких независимых друг от друга стволов. Белая и черная расы, по мнению полигенистов, представляют собой две совершенно особые породы, отличающиеся как в физическом, так и в интеллектуальном отношении. Отсюда вытекало учение о неравноценности человеческих рас. Белая раса объявлялась высшей расой, самой природой предназначенной для господства, а черная и желтая расы считались низшими, обреченными на вечно подчиненное положение.