Он не походил на обыкновенных европейских путешественников, его интересовали вопросы, какие тем никогда и не приходили в голову. Защита туземцев, которую русский ученый поставил своей целью после первого пребывания в Новой Гвинее, обратила на него внимание как голландских так и английских колониальных властей. Капитан английского военного судна «Basilisk» Моресби при своем плавании вдоль северо-восточного берега Новой Гвинеи получил специальное предписание собирать сведения о русском путешественнике. Голландские и английские военные суда перевозили Миклуху-Маклая из одного пункта в другой, а туземные владетели, как, например, томонгон Иохора, сиамский король, оказывали ему помощь в странствиях по Малаккскому полуострову.
Конечно, меньше всего личное обаяние Миклухи-Маклая было тому причиной. В семидесятые годы прошлого века европейские державы лихорадочно стремились захватывать все новые и новые колонии. Немногие еще незанятые территории привлекали их жадное внимание. Появление в Океании русского ученого, доставленного туда на русском военном корабле, сразу же вызвало подозрения, не послан ли он русским правительством для изучения, а потом захвата океанийских островов для России? Не случайно австралийские газеты именовали молодого ученого бароном Маклаем, подчеркивая этим, что считают его официальным лицом, занимающим в своей стране высокое положение. Миклуха-Маклай не считал нужным рассеивать их подозрения и даже не отказывался от не принадлежащего ему титула, полагая, что таким образом он лучше сумеет вести свое дело защиты туземцев от колониальных эксплоататоров.
Направляясь из Гонконга в Батавию, Миклуха-Маклай предполагал пожить там некоторое время, чтобы обработать собранные материалы и подготовиться ко второму путешествию в Новую Гвинею. Он знал, что Батавия из-за дурных климатических условий долгое время слыла могилою европейцев, но в начале XIX века колонизаторы ста ли селиться к югу от старого города, в местности, значительно более здоровой, и там возник новый город с широкими улицами и домами, утопающими в садах. Кроме того, Батавия привлекала его своими культурными учреждениями. В частности, с 1864 года там действовала лучшая в тропиках магнитно-метеорологическая обсерватория. Все это было важно для научной обработки собранных им материалов.
Однако климат новой Батавии оказался для Миклухи-Маклая чрезвычайно неблагоприятным. Он заболел тяжелой формой тропической лихорадки, и жизнь его висела на волоске. Пришлось спешно покинуть Батавию и воспользоваться приглашением генерал-губернатора Нидерландских Индий Джемса Лаудона — пожить в его дворце, находящемся в горном городке Бейтензорге.