Поправившись, Миклуха-Маклай через Тернате, Мельдо, Горонтало, Макассар на Целебесе добрался до Явы. Пробыв некоторое время в Тонпанасе, он переселился в Батавию. Это было в сентябре 1874 года.
В Батавии Миклуха-Маклай опубликовал в местном журнале статью о бедственном положении туземцев в Папуа-Ковиай. Не ограничиваясь только обращением к европейскому общественному мнению, он направил генерал-губернатору Голландской Индии официальное письмо, в котором указывал, что страх перед насилием заставляет на селение берега бросать свои хижины и огороды, а это обрекает туземцев Папуа-Ковиай на физическое уничтожение.
«Сравнивая образ жизни папуасов Ковиай с папуасами берега Маклая, — писал русский ученый в этом письме, — нельзя не заметить большого различия между обеими группами населения. Несмотря на то, что папуасы Ковиай уже знакомы с железом и железными орудиями, что они познакомились с одеждою и даже с огнестрельным оружием, что они носят серебряные и даже золотые украшения, они остались номадами и ведут весьма жалкий, бродячий образ жизни.
Недостаток пищи, вследствие неимения плантаций и домашних животных, заставляет их скитаться по заливам в поисках морских животных, ловить рыбу, бродить по лесам для добывания скудных плодов, съедобных листьев или кореньев. На вопрос при встрече: «куда» или «откуда» — я обыкновенно получал ответ: «ищу» или «искал, что поесть».
Папуасы берега Маклая хотя живут совершенно изолированно от сношений с другими расами, хотя не были знакомы (до моего посещения в 1871 году) ни с одним металлом, однако строили и строят своими каменными топорами большие селения с относительно очень удобными, часто большими хижинами, обрабатывают тщательно свои плантации, которые круглый год снабжают их пищей, имеют домашних животных: свиней, собак и кур. Вследствие их оседлого образа жизни и союза многих деревень между собою войны у них сравнительно гораздо реже, чем между Папуасами Ковиай.
Все это доказывает, что сношения в продолжение многих столетий более цивилизованных малайцев с папуасами далеко не имели благоприятных последствий для последних, ивряд ли можно ожидать, что столкновение в будущем папуасов с европейцами, если оно ограничится только торговыми сношениями, поведет к лучшим результатам. Малайцы принесли папуасам Ковиай радьев, торговцев ружьями и опиумом; от европейцев они получают еще резидентов-миссионеров, ром и т. д. и т. д.».
Из этих слов Миклухи-Маклая видно его отношение к «цивилизаторской» деятельности европейских колонизаторов. Непримиримый враг империализма и «расистских теорий», он неустанно, где только мог, выступал с пропагандой своих демократических взглядов; и в его уме уже тогда созревала утопическая идея о создании свободной республики папуасов берега Маклая с сохранением основ их первобытного коммунистического общественного устройства.