Несмотря на это, через три дня помощник уполномоченного СПО УГБ НКВД УССР старший лейтенант госбезопасности Грозный, рассмотрев имеющиеся материалы, нашёл, что Либерберг является участником контрреволюционной троцкистско-террористической организации, в которой проводил активную контрреволюционную работу. На основании ст. ст. 126 и 127 УПК УССР постановил привлечь Либерберга И.И. в качестве обвиняемого, предъявив ему обвинение по п. 8 ст. 54 и п. 11 ст. 54 УК УССР.
6 сентября «Биробиджанская звезда» впервые проинформировала жителей области о том, что в ходе работы по очистке от чуждых и вражеских элементов от контрреволюционеров-троцкистов, зиновьевцев, шпионов и жуликов разоблачены троцкисты Либерберг и Волобринский — заклятые враги и обманщики.
9 сентября 1936 года Президиум облисполкома ЕАО принял решение:
«1. Снять Либерберга И.И. с должности председателя облисполкома, исключить его из состава членов пленума и президиума исполкома ЕАО.
2. Просить Далькрайисполком исключить Либерберга И.И. из состава членов пленума и президиума Далькрайисполкома.
3. Просить ВЦИК СССР исключить Либерберга И.И. из состава членов ВЦИК».
Газета «Биробиджанская звезда» от 23 сентября 1936 года писала: «Как заклятый враг, Либерберг снят с работы председателя облисполкома и выгнан из партии. Либерберг все время скрывал свою контрреволюционно-троцкистскую деятельность в 1923 году…». Вспомнили его работу и в Киевском Институте еврейской пролетарской культуры, который был превращён «в гнездо контрреволюционеров-троцкистов». Как председатель облисполкома «он окружил себя классово-враждебными элементами, пытался выставить себя единственным строителем еврейской национальной культуры, окружил себя подлыми троцкистами и зиновьевцами…».
О событиях тех дней написано было немало, но даже официальные источники — газеты, журналы, публицистика тридцатых годов — были впоследствии недоступны. Пресса тех лет пестрела разоблачениями врагов народа — троцкистов, шпионов, контрреволюционеров, и крайне сложно было узнать, что же в действительности происходило в те месяцы и дни.
Почти еженедельно в тюрьме проходят допросы Либерберга, на которых его обвиняют в троцкистской деятельности во время работы в Киеве. Ему предъявляют свидетельские показания ранее арестованных его бывших коллег по работе — Я. Розанова, С. Посвольского, М. Киллерога, И. Гуревича, Е. Перлина, которые причисляют Иосифа к троцкистской оппозиции. Признавая знакомство, он категорически отрицает организационную связь с ними как активными участниками троцкистско-террористической организации и называет все эти показания ложными.