16 октября 1936 года оперуполномоченный Гречихин вынес постановление о приобщении к следственному делу на Либерберга материалов, поступивших в СПО УГБ НКВД УССР, подтверждавших его участие в контрреволюционной троцкистско-террористической деятельности. Среди этих документов находились:
1. Информация парторганизации Академии Наук УССР № 6/с от 11.09.1936 г. и зав. отделом науки ЦК КП(б)У от 11.09.1936 г. о том, что:
— Либерберг скрыл от партии свою принадлежность к троцкизму в 1923 году;
— являясь редактором библиографического сборника, проявил притупление бдительности и пропустил в сборник троцкистско-националистическую работу библиографа Квитного;
— работая в Институте еврейской пролетарской культуры в Киеве, он содействовал принятию на работу контрреволюционеров-троцкистов-националистов, имевших связь с заграницей;
— на официальное открытие кафедры еврейской культуры при АН УССР пригласил враждебных советской власти и компартии лиц;
— в члены-корреспонденты АН УССР Либерберга рекомендовали арестованные участники контрреволюционной троцкистской организации Киллерог и Семковский.
2. Информация Спецсектора АН УССР № 333 с телеграммой М. Киллерога, что свидетельствует о его связи с Либербергом.
3. Документы, обнаруженные при обыске у Либерберга:
— автобиография, в которой он написал, что состоял в еврейской социал-демократической рабочей партии (Поалей-Цион), и его троцкистских взглядах в 1923 году;
— письмо Либерберга, свидетельствующее о его связях с арестованными участниками контрреволюционной организации Розановым, Посвольским и Лозовиком.
19 октября 1936 года в обком ВКП(б) ЕАО был отправлен партбилет Либерберга № 0501520. В сопроводительном письме, подписанном ВРИД начальника СПО УГБ НКВД УССР капитаном госбезопасности Рахлисом, было указано, что Либерберг арестован за троцкистскую контрреволюционную деятельность.
На первоначальных допросах в период со 2 сентября по 15 октября 1936 года Либерберг категорически отрицал свою причастность к деятельности контрреволюционной троцкистско-террористической организации. Даже когда ему предъявили показания ранее арестованных его знакомых, «уличающие» Либерберга в троцкизме, он продолжает всё отрицать.
К середине октября в СПО УГБ НКВД УССР поступили «компрометирующие» материалы, которые были предъявлены Либербергу как «доказательство» его виновности. Учитывая применявшиеся в те годы НКВД методы допросов с использованием «специальных средств принуждения», становится понятным, почему начиная с 19 октября 1936 года Либерберг начал давать «признательные» показания.