Коркуэр также обвинялся в назначении своего племянника дона Хуана Франсиско капитаном корабля, который должен был присматривать за награбленным добром губернатора. Это привело к тому, что через несколько дней команда корабля перестала ему подчиняться. На галеоне поднялся мятеж, во время которого многие матросы были убиты и ранены. Управление кораблем было заброшено, в то время как поднялся шторм. Поскольку паруса не были убраны, сильный ветер сломал мачты и вместе с такелажем выбросил за борт. Ветер и течение сбили корабль с курса и вынесли его на рифы Сайпана. Из команды, находившейся на борту галеона, спаслось всего лишь несколько моряков. Некоторая часть груза была спасена и извлечена из прибрежных вод островитянами.
В 1684 году поисковая экспедиция испанцев обнаружила и подняла тридцать пять из тридцати шести пушек и семь якорей из восьми. Оставшиеся грузы галеона разбросало по подножиям рифов или унесло на большие глубины.
Поисковый корабль «Тенгар» подошел к Сайпану в марте 1987 года и бросил якорь у его юго-западного берега.
В течение двух лет велись работы на месте гибели галеона, во время которых было обследовано все южное и юго-западное прибрежное дно острова Сайпан.
Угроза тайфунов препятствовала проведению работ с июля по декабрь, но уже в течение первых шести месяцев было обнаружено практически все, что осталось от галеона. Команда исследователей была специально подобрана и состояла из тридцати человек семи национальностей — китайцев, малайцев, сингапурцев, филиппинцев, австрийцев, англичан и американцев. За время поисков остатков галеона команда совершила более десяти тысяч погружений — при этом без единой серьезной неудачи.
Первые золотые находки стали попадаться ныряльщикам в начале второго сезона работ. Сперва был найден фрагмент золотого блюда ручной работы. На нем была изображена женщина с вазой с цветами. В левой руке она держала букет роз. Маленькая собачка прыгала у ее ног. Цветочный орнамент украшал фрагмент по краям. Впоследствии было найдено большинство из осколков блюда. Согласно документам Севильского архива по делам Индии, галеон перевозил на своем борту блюдо из чистого золота и набор с кувшинами, считающиеся подарком короля Испании японскому императору.
Во время официального расследования гибели галеона испанские власти обвинили губернатора Манилы Коркуэра в незаконном присвоении этих предметов на Филиппинах и их возвращении в Испанию в качестве личного груза губернатора. Золотое блюдо с изображением женщины было важной находкой, но были и другие, которые впечатляли гораздо сильнее. Так, ныряльщик с Борнео Энт Навин нашел маленькую золотую туфельку, инкрустированную алмазами и бриллиантами. В туфельке могли храниться духи или другая парфюмерия.