Повезло и Майклу Флэкеру, подводному оператору из Австралии, который поднял 32 золотые цепи, каждая из которых была по полтора метра длиной. Все цепи лежали вместе и были скручены золотой проволокой. Они были погребены под двумя метрами осадков под узким выступом так, что его руки с трудов смогли до них дотянуться.
Аквалангистами были подняты более чем 1300 единиц золотых ювелирных изделий: цепи, кресты, четки, пряжки, филигранные пуговицы, кольца и броши с драгоценными камнями. Некоторые из менее ценных находок с галеона также были очень интересны. Например, 156 кувшинов для хранения пищевых продуктов, найденных на глубинах от 45 до 60 метров. Они весили более сорока килограммов каждый.
Реставраторы тщательно проанализировали содержимое кувшинов. В двух из них была застывшая восточная ароматическая смола, используемая как ладан-фимиам.
На кувшинах были выгравированы имена владельцев или испанские и китайские символы, указывающие на их содержимое: соль, уксус, селитра и вино. Но большинство кувшинов содержали питьевую воду, так как манильские галеоны на торговом пути не делали остановок по пять-восемь месяцев.
Для обследования дна на глубинах, недоступных аквалангистам, «Тенгар» имел двухместный водолазный колокол. Также использовался робот с видеокамерой, управляемой с поискового корабля. А там, куда не могли спустить колокол, применяли обитаемый подводный аппарат, вмещавший двух пилотов и наблюдателя. Данные глубоководных исследований удостой верили, что обломки крушения сбросило с рифа до глубины 80 метров.
Работа по консервации находок велась круглые сутки. После очистки каждый предмет был измерен, сфотографирован, зарисован на бумаге, снят на лазерный диск компьютера. Все детали, включая точное местонахождение предмета, были включены в компьютеризированную базу данных для итогового отчета.
Многие предметы были повреждены тайфунами и обросли кораллами уже после крушения галеона. Так, например, один кусок коралла в действительности содержал 564 отдельных изделия — стеклянные бусины китайского происхождения, керамические черепки, разукрашенные медные кнопки, остатки листового золота, две серебряные рукоятки от шпаг и бронзовые китайские весы, использовавшиеся, вероятно, для взвешивания драгоценных камней. Некоторые предметы были сугубо личными. Так, на поверхности маленького золотого гребня можно было разобрать надпись «год 1618», нанесенную золотыми точками. Также было видно и имя «Донья Каталина де Гусман». Дальнейшие поиски выявили, что она была вдовой и в 1634 году жила в Маниле. Находилась ли она на борту затонувшего корабля? Неизвестно. Чаще всего гребни делались не из золота, а из других материалов, в основном из слоновой кости или панциря черепахи. В 1767 году на галеоне «Сан-Карлос» перевозился груз из 80 тысяч гребней.