Н. А. Рубакин использовал все доступные ему средства для борьбы с самодержавием, нелегальные и легальные. За свои публицистические статьи, направленные против царизма, помещичьего строя, в защиту трудящихся, страдавших от «законных» и незаконных поборов царских чиновников, от невежества и бескультурья, он не раз подвергался преследованиям полиции, высылался на разные сроки из Петербурга. Эти статьи представляли собой чаще всего результаты статистических исследований, основанных на документальных данных, фактах, цифрах. Так, например, в 1905 году он выступил с обличительной брошюрой «Архив государственной мудрости или злачное место идеже государственные раки зимуют. Опыт статистического исследования Государственного Совета по официальным данным». Брошюра вызвала бурю негодования в среде царских чиновников, о ней шел разговор на заседании Государственного совета, и брошюру было приказано изъять. По таким же хотя и секретным, но официальным правительственным материалам были написаны Рубакиным статьи «Бюрократия в цифрах», «Много ли в России чиновников», «Россия в цифрах» и др. На выводы Рубакина, изложенные в этих брошюрах и статьях, не раз ссылался в своих работах В. И. Ленин, высоко их оценивая за глубину анализа.
Наряду с легальными выступлениями Н. А. Рубакин написал около 30 нелегальных статей под псевдонимом Сергея Некрасова. Его антимилитаристская книга «Великие войны и борьба с войной» (напечатанная в 1908 году небывалым по тому временем тиражом—1,5 миллиона экземпляров) оказала большую помощь ленинской партии в борьбе против царской военщины.
Спасаясь от полицейских преследований, Н. А. Рубакин вынужден был в 1908 году навсегда покинуть родину, выехав сначала в Финляндию, а затем — в Швейцарию. Но и на чужбине он продолжал оказывать немалую помощь борцам за свободу России, за освобождение ее от царского гнета. Он постоянно поддерживал дружеские связи с В. И. Лениным, Н. К. Крупской, А. В. Луначарским, Г. В. Плехановым, М. Горьким и др.
Живя вдали от родины, Н. А. Рубакин всегда оставался ее горячим патриотом, горячо приветствовал социалистическую революцию, а в 1918 году заявил, что считает себя советским гражданином. В одном из писем в 1934 году он писал: «Здесь в Швейцарии я нахожусь вот уже 25 лет и работаю, ни на минуту и никогда не чувствуя своей отрезанности от родной страны, — жил, живу и всегда буду жить и питаться прежде всего духом ее социалистического строительства. Вы знаете, что еще задолго до падения царизма я был энтузиастом и фанатиком рабоче-крестьянского трудового строя. На такой платформе остаюсь я и по сей день».