В период работы в Ленинграде и пересеклись судьбы члена Политбюро ЦК ВКП(б) и секретаря Ленинградского обкома партии Андрея Александровича Жданова и Петра Николаевича Кубаткина.
Для Кубаткина совместная работа со Ждановым оказалась весьма полезной. Как член Военного Совета Ленинградского фронта, Жданов был в курсе всех планов боевых операций. Функции органов государственной власти также были переданы Военному Совету. Поэтому Кубаткину приходилось едва ли не каждый день общаться со Ждановым, решая повседневно возникавшие проблемы.
После завершения военных операций, связанных с обороной Ленинграда, Жданов получил новое назначение — секретарем ЦК ВКП(б) по идеологической работе. Кубаткин же продолжал трудиться в Ленинграде. В столицу выезжал частенько как по служебным делам, так и для участия в работе сессий Верховного Совета СССР, депутатом которого он был избран по окончании войны.
После освобождения Павла Михайловича Фитина от должности начальника внешней разведки, которую он возглавлял с мая 1939 по июнь 1946 года, Сталин неожиданно дал добро назначить на эту должность Кубаткина. Возможно, мнение Жданова и его рекомендации сыграли в этом вопросе свою роль.
Повышение по службе не предвещало Петру Николаевичу спокойной жизни. Сотрудники внешней разведки трудились над решением первоочередных задач, поставленных перед ними Сталиным. А задачи эти были неимоверно важными и крайне сложными: речь шла о содействии советским ученым в создании ядерного оружия.
Следует заметить, что вскоре после войны иллюзии на мирное сотрудничество с союзниками по антигитлеровской коалиции быстро улетучились. Вновь на горизонте обозначились признаки войны, пока что холодной. Имелись определенные трудности и в послевоенном восстановлении народного хозяйства.
В такой обстановке единственную возможность для нормальной деятельности вверенной ему Службы Кубаткин видел в опоре на надежных людей.
Из Ленинградского управления в центральный аппарат внешней разведки был переведен А.М. Сахаровский. Тогда же на работу во внешнюю разведку был направлен А.А. Крохин, который в годы войны был оперативным сотрудником Особого отдела НКВД Ленинградского округа, переведен в ПТУ МТБ СССР начальник отдела УНКГБ по Ленинградской области А.В. Красавин, на учебу в Высшую разведывательную школу МТБ СССР направлены Н.С. Дерябкин и некоторые другие сотрудники Ленинградского управления госбезопасности.
Едва Петр Николаевич начал глубоко вникать в дела разведки, последовал приказ об освобождении его от должности. В анкете, которую позже заполнял Кубаткин, о службе в разведке он написал так: «С 15 июня по 7 сентября 1946 года — начальник Главного управления МГБ СССР».