Существует ряд версий неожиданного освобождения Кубаткина от должности. Одна из них предполагает, что он сам не считал возможным возглавлять столь ответственный участок, поскольку не имел опыта зарубежной работы и не знал иностранных языков. С этой версией трудно согласиться прежде всего потому, что Кубаткин обладал немалым опытом организаторской работы и уже приступил к формированию коллектива высокопрофессиональных разведчиков. Кроме того, военный человек, генерал-лейтенант Кубаткин, награжденный орденами Ленина, Кутузова I и II степени, Трудового Красного Знамени, двумя орденами Красной Звезды не мог спасовать перед трудностями. Военные люди не обсуждают приказы начальников, а выполняют их.
Если даже он и написал рапорт с просьбой освободить его от занимаемой должности, то это должно было быть вызвано совсем другими причинами. Они таились скорее всего в сфере большой политики, поскольку в это время раскручивалось так называемое «ленинградское дело», подробности которого не подлежали огласке. Сфабрикованные ближайшим окружением Сталина обвинения против «участников этого дела», обвиненных в попытке раскола партии, а также в шпионаже привели к жестокой расправе над ленинградскими руководителями.
Всем осужденным было предъявлено обвинение в том, что, якобы создав антипартийную группу, они проводили вредительскую подрывную работу, направленную на противопоставление Ленинградской партийной организации Центральному Комитету партии, превращение ее в опору для борьбы с партией и ЦК ВКП(б). Жертвами репрессий в связи с «ленинградским делом» стали все руководители областной, городской и районных партийных организаций, почти все советские и государственные деятели, которые после Великой Отечественной войны были выдвинуты из Ленинграда на руководящую работу в центральные партийные и советские аппараты, а также в областные партийные организации. Только в Ленинградской области были освобождены от партийной и советской работы более двух тысяч коммунистов.
Но пока был жив Жданов, Кубаткина не арестовывали. Сначала его направили руководить областным Управлением государственной безопасности в город Горький, а затем — заместителем председателя Саратовского облисполкома. Лишь в июле 1949 года была получена санкция на арест Кубаткина, а 27 октября 1950 года он был расстрелян.
В начале 1954 года по поручению ЦК КПСС Прокуратура СССР произвела ревизию «ленинградского дела» и установила, что оно было от начала и до конца сфальсифицировано. 26 мая 1954 года Петр Николаевич Кубаткин был реабилитирован.