После возвращения Лумумбы из поездки в США, когда американцам стало ясно, что он никогда не согласится на роль марионетки, ЦРУ стало готовить тайную спецоперацию по его физической ликвидации. Решение об этом было принято тогдашним президентом США Эйзенхауэром. Одним из инициаторов его принятия был «господин Конго» Дуглас Диллон — заместитель государственного секретаря, председатель совета банковского дома «Диллон Рид Энд Ко».
Получив разрешение, ЦРУ приступило к действиям. 28 августа 1960 года директор ЦРУ Аллен Даллес направил своему резиденту в Леопольдвиле Хеджмену следующую телеграмму:
«Руководители организации пришли к решению, что если Лумумба сохранит лидерство, неизбежным результатом будет в лучшем случае хаос, а в худшем—открытый путь к захвату коммунистами власти в Конго с губительными последствиями для престижа Объединенных Наций и для интересов свободного мира в целом. В связи с этим мы решили, что устранение Лумумбы должно быть неотложной и главной задачей. В нынешней ситуации данная цель должна стать определяющей в нашем плане секретных действий».
14 сентября 1960 года бывший в то время начальником генерального штаба конголезской армии полковник Мобуту, получив через ООН от американцев солидную денежную сумму, совершил государственный переворот. Он объявил о разрыве дипломатических отношений с Советским Союзом и о выдворении в 24 часа советского посольства из Леопольдвиля.
Через несколько часов после заявления Мобуту о захвате власти его солдаты появились у здания советского дипломатического представительства. Но все их попытки проникнуть на территорию посольства были решительно пресечены его сотрудниками. Советский посол обратился к главе администрации ООН в Конго с просьбой защитить посольство от «неконтролируемой солдатни». Администрация ООН обещала взять посольство под охрану, но лишь до истечения срока ультиматума. Здание посольства было окружено войсками ООН, а за ними расположились солдаты Мобуту.
Всю ночь в осажденном здании упаковывали вещи и уничтожали документы. Посол М.Д. Яковлев был спокоен, деловит и не проявлял ни малейших признаков растерянности. Все сотрудники посольства организованно занимались подготовкой к эвакуации. Точно в назначенный час был спущен советский флаг, и кортеж автомашин направился сквозь двойной кордон солдат в аэропорт.
Сложнее было решить вопрос с Лумумбой. В ЦРУ разрабатывались различные варианты ликвидации конголезского лидера. Однако все попытки оказались неудачными. В штаб-квартире ЦРУ созрел новый план: вывести Лумумбу из-под охраны ООН и передать его политическим противникам, что в условиях гражданской войны в Конго означало бы для него верную смерть.