Ситуация развивалась следующим образом: Мобуту отдал приказ об аресте Лумумбы. Лумумба оставался в своей резиденции, которая, как и советское посольство, была окружена двойным кольцом охраны. Солдаты Мобуту стерегли Лумумбу в ожидании удобного момента расправиться с ним, а войска ООН оберегали Лумумбу от мобутовцев. В сложившейся обстановке американцы через свою агентуру в окружении Лумумбы спровоцировали его побег из резиденции в Стенливиль. Сопровождавший Лумумбу английский офицер, который командовал подразделением ганского контингента войск ООН, осуществлявшим его охрану, арестовал в пути конголезского лидера и находившихся с ним его соратников Мполо и Окито и передал их катанскому сепаратисту Чомбе. Иными словами, офицер войск ООН предал тех, кого должен был охранять. Узников сразу же отправили на самолете в Элизабетвиль.
Специальная операция ЦРУ завершилась кровавым исходом: 17 января 1961 года Лумумба, Мполо и Окито были замучены в застенках Чомбе.
В течение трех с лишним лет сотрудники резидентуры работали в условиях политической нестабильности и гражданской войны в Конго. Дважды, в сентябре 1960 года и в ноябре 1963 года, резидентура вынуждена была сворачивать свою деятельность в связи с провокационными выдворениями из страны всего состава советского посольства и приостановлением дипломатических отношений между Конго и СССР.
В этих критических ситуациях проявились лучшие качества и руководителя резидентуры КГБ Л.Г. Подгорнова, и всех ее сотрудников. Мужество, спокойствие, хладнокровие, умение оценить обстановку и найти верное решение неоднократно спасали их в сложных ситуациях. Но еще более тяжкие испытания выпали на долю заменившего Л.Г. Подгорнова в должности резидента советника советского посольства Б.С. Воронина и атташе посольства Ю.Н. Мякотных.
Ноябрьским днем 1963 года к дебаркадеру леопольдвильской пристани приближался маленький паромчик, связывающий столицы двух африканских государств Браззавиль и Киншасу (ранее называвшуюся Леопольдвиль). На его палубе среди повозок и автомашин разместился и «фиат» с дипломатическими номерами советского посольства в Леопольдвиле. Он принадлежал Воронину.
Следует отметить, что в те годы в Конго находившиеся в оппозиции национально-патриотические партии опять попали под запрет. Внешней разведке было поручено под держивать конспиративные контакты с их лидерами. В августе 1963 года оставшиеся на свободе лидеры этих партий перебрались в Браззавиль. Встречи с ними сотрудники резидентуры стали проводить в столице соседнего государства, куда выезжали по поручениям посла и для закупок продовольствия.