Мусульманская община утратила прежние позиции в местной экономике. В то же время, разгром профсоюзного движения привел в ряды националистов многих христиан, которые составляли в профсоюзах большинство. Надо отметить, что Вторая мировая война вызвала в Эритрее урбанизационный бум, резко увеличилось число рабочих мест. Городские жители составили пятую часть населения. С приходом эфиопской администрации наступил спад в экономике, вызвавший рабочую миграцию за рубеж. Многие представители местной интеллигенции, в основном христианской по составу, также переходили на позиции национализма, принося с собой марксистские и леворадикальные взгляды. Молодые люди с высшим образованием в 1950-е организовывали демонстрации протеста, в 1960-е возглавили партизанские отряды.
Немалую роль в обострении противоречий сыграла «языковая политика» Центра. Амхарский (язык правящей элиты) был объявлен императором «международным языком»>{9}. В университете Аддис-Абебы преподавание велось исключительно на амхарском. Арабский язык — местный мусульманский lingua franca был исключен из обязательной образовательной программы, вскоре под такой запрет попал и тигринья — язык христиан-тиграй Эритреи. Хотя в конституции Эритреи, разработанной вместе с представителями ООН, оба языка получили статус государственного.>{10}
Вполне логично, что инициатива начала вооруженной борьбы за независимость принадлежала исламистам. В 1958 году лидер одной из групп инсургентов Мохаммед Саид Навид, получивший боевой и политический опыт в рядах Компартии Судана, вместе с журналистом Вольдэабом Вольдэмарьямом и бывшим секретарем партии «Рабита эль-Исламийя» Хаджи Ибрагимом Султаном основали в ПортСудане подпольное Эритрейское освободительное движение (ЭОД). Политическая программа молодого движения не имела четких целей, кроме тотальной конфронтации с Эфиопией. Вторым важным моментом была следующая декларация: «Мусульмане и христиане — братья, их единство создает эритрейскую нацию»>{11}. В самой Эритрее мусульмане называли ЭОД «Харекат» (араб. — Движение), а христиане — «Махабер Совате» («Ассоциация семи») из-за подпольной организационной системы, состоящей из отдельных ячеек по семь членов в каждой.
Каирская группа эритрейских интеллектуалов и студентов в июле 1960 года сформировала Фронт освобождения Эритреи (ФОЭ) во главе с бывшим председателем эритрейского парламента Идрисом Мохаммедом Адемом. ФОЭ отказался от предложения о совместной работе, заявив, что ЭОД спонсируется коммунистами и даже спецслужбами Эфиопии. Начавшаяся между двумя группировками конфронтация помогла эфиопским спецслужбам вскрыть систему ЭОД, произвести массу арестов и разрушить ее подпольную сеть.