Однако у святого отца нашлись недоброжелатели, которые направили к митрополиту Исидору Петербургскому послание, содержащее клевету на Иоанна. Но, когда митрополит открыл письмо, чтобы прочитать послание, то увидел только чистый лист. Митрополит вызвал к себе жалобщиков и потребовал объяснений; те заверяли его, будто бы самолично писали донесение. После этого митрополит обратился за объяснением к самому Иоанну; тогда Иоанн стал молиться, и вскоре на бумаге проступил текст послания. Поняв, что сам Бог защищает Иоанна Кронштадтского от клеветы, митрополит с гневом разорвал письмо и прогнал жалобщиков, а Иоанну сказал: «Служи, батюшка, Богу и не смущайся». После этого случая проявился у Иоанна и дар целительства. В Харькове жил адвокат-еврей. Его единственная дочь заболела скарлатиной. Врачи отказались от ее лечения, заявив, что положение безнадежное и ничего они сделать не в состоянии. В это же самое время в Харьков прибыл с визитом Иоанн Кронштадтский. С большим трудом пробившись к нему, адвокат кинулся в ноги к Иоанну со словами: «Святой отец, я еврей, но прошу тебя – помоги мне! Моя единственная дочь умирает. Спаси ее!» Иоанн, положив на голову отца руку, возвел глаза к небу и начал молиться. Через несколько минут он сказал адвокату: «Встань и иди с миром домой». Когда адвокат подъехал к дому, то на балконе стояла радостная жена, которая закричала ему, что их дочь здорова. Эта девочка впоследствии приняла православие и получила имя Валентина.
Отец Иоанн в своих проповедях говорил просто и понятно для всех, он не использовал особых приемов красноречия, но его слова шли от души, и он свято верил в то, что говорил своим слушателям. Его проповеди печатались в огромном количестве, большими тиражами и пользовались успехом как у служителей Бога, так и у простых людей. В свет вышло собрание сочинений отца Иоанна в нескольких томах, но особой любовью людей пользовался дневник его «Моя жизнь во Христе». Даже несмотря на свою занятость, он ежедневно записывал свои мысли, которые приходили к нему во время молитвы и созерцания. Именно эти мысли и составили основу его дневника. Отец Иоанн большое внимание уделял благотворительности. Например, в 1882 г. он основал в Кронштадте «Дом трудолюбия», в котором были своя собственная церковь, народное училище, больница, мастерские по пошиву одежды, обуви и бесплатная столовая на 800 мест. У себя на родине, в Архангельской губернии, он воздвиг прекрасный храм.
Умер Иоанн 20 декабря 1908 г. в возрасте 80 лет. На похоронах несметная толпа провожала его тело из Кронштадта в Петербург, где он и был похоронен в им же основанном Иоанновском монастыре. К месту погребения Иоанна со всех концов России стекались паломники. Крепкий в вере, горячий в молитве и в своей любви к Господу и к людям, отец Иоанн Кронштадтский навсегда остался в памяти русского народа. Он и после кончины своей откликается на молитвы верующих.