Перестройка службы в войсках по охране особо важных предприятий промышленности вызвала неизбежные изменения во взаимоотношениях с другими видами охраны на тех предприятиях, где еще существовали ведомственная военизированная охрана (ВВО), военизированная пожарная охрана (ВПО) и вахтерская охрана (ВО), состоящие из отдельных команд. В их ведении находились небольшие цеха, мастерские, склады ГСМ, другие второстепенного значения производственные участки и подсобные помещения. И хотя в своей деятельности эти команды руководствовались положениями, утвержденными ведомственными наркоматами, в оперативном отношении по вопросам организации и несения службы, соблюдения правил пропускного и внутриобъектового режимов, вооруженная вахтерская и ведомственная охраны подчинялись начальнику гарнизона, который, по существу, являлся полностью ответственным за охрану всего объекта.
В войсках по охране железнодорожных сооружений перестройка коснулась лишь вопросов переформирования личного состава в гарнизонах и приведения их штатов в соответствие с объявленными типами. Из-за возросшей угрозы нападения диверсионных групп противника на охраняемые объекты в прифронтовой полосе и на сопредельных территориях приказом начальника Управления войск по охране железнодорожных сооружений от 5 мая 1942 года в частях была запрещена организация службы по шаблону[147]. Не разрешалось выставлять наряды по табелю постам, а организовывать службу только на основе сложившейся обстановки. Количество нарядов, их расположение должны были определяться начальником гарнизона, чередоваться по видам и выставляться в разное время. Приказ, таким образом, давал начальникам гарнизонов широкие возможности для маневра силами и средствами, позволял разумно подходить к вопросу о плотности охраны, об использовании особенностей прилегающей к объекту местности.
Исключительными по своей значимости стали мероприятия в войсках НКВД по охране железнодорожных сооружений и особо важных предприятий промышленности по созданию агентурной сети. В предвоенные годы войска не занимались этим вопросом. Войсковые методы службы, помощь бригад содействия в полной мере обеспечивали надежность охраны. Однако сложные условия военного времени, постоянная угроза нападения диверсионных групп на охраняемые объекты, увеличение количества производств и сооружений, расширение задач – все это побудило НКВД СССР принять решение о создании разведывательных аппаратов в частях по охране железнодорожных сооружений и особо важных предприятий промышленности. Приказом от 17 июля 1942 года в штабах дивизий, полков были сформированы разведывательные отделения. Перед оперативными подразделениями ставилась задача развернуть на вверенных объектах агентурно-разведывательную работу с целью совершенствовать формы борьбы с вражеской агентурой и преступностью, а также осуществлять общее руководство деятельностью бригад содействия