На южном крыле советско-германского фронта войскам НКВД по охране железнодорожных сооружений было не до реформирования службы. Служебно-боевая деятельность протекала в условиях усиления воинских перевозок по всем дорогам СССР, активности диверсионных групп противника не только на железных дорогах, но и в глубоком тылу. Часть гарнизонов несли службу в непосредственной близости от линии фронта, зачастую подвергались нападению вражеской авиации, а в ряде случаев артиллерийскому обстрелу противника.
Все гарнизоны по охране железнодорожных мостов своими силами или с помощью подразделений и частей Красной Армии отражали атаки противника, пытавшегося захватывать объекты в исправном состоянии, уходили с отступающими войсками и гражданским населением вглубь страны. Таких случаев было много. Так, 7 июля 1942 года личный состав гарнизона 125-го полка войск НКВД, охраняющий железнодорожный мост через р. Черная Калитва, отразил несколько атак танков противника. После взрыва саперами моста гарнизон отошел по приказу командира полка. 19 сентября 1942 года гарнизон 30-й дивизии по охране железнодорожного моста на р. Н. Чисел в составе 25 человек в течение суток вел бой со значительно превосходящими силами противника, сорвал его замыслы захватить мост и переправиться через реку. Аналогичные задачи выполнял личный состав 113-го, подразделения 90-го и 91-го, 56-го стрелковых полков по охране железнодорожных сооружений во время отхода в район Сталинграда.
Привлечение местного населения к охране объектов способствовало в известной мере проведению еще одной реорганизации в войсках по охране железнодорожных сооружений. В конце 1942 года стало очевидным, что с помощью актива местного населения и бригад содействия, при более рациональной расстановке своих сил и частичном увеличении служебной нагрузки на личный состав можно без ущерба надежности охраны значительно снизить численность личного состава. В частях и гарнизонах еще раз были изучены возможности более продуманного использования бойцов и командного состава, в результате по войскам за штаты было выведено более тридцати тысяч человек. Это количество включало также сокращенный личный состав вследствие укрупнения ряда гарнизонов и незначительного уменьшения количества охраняемых объектов. Из полученного резерва было сформированы одиннадцать резервных батальонов и два полка.
К концу 1942 года в ведении войск по охране железнодорожных сооружений находилось около двух тысяч железнодорожных мостов и путепроводов, до полутора сотен тоннелей и эстакад, грузы более чем на пяти сотнях станций. Под охраной находилось также более семи сотен водокачек, около двух сотен электростанций, денежных касс и других станционных объектов, почти два десятка складов ОВС НКВД СССР. При этом в течение года количество охраняемых в пути следования вагонов с номенклатурными грузами непрерывно увеличивалось. Если в марте месяце 1942 года их было около пятидесяти тысяч, то в октябре в десять раз больше.