Приказом командования 44-й армии от 14 сентября на дивизию НКВД была возложена, кроме того, обязанность навести порядок на территории укрепрайона. В приказе говорилось, что беспорядочное хаотичное движение большого количества одиночек и групп красноармейцев и начальствующего состава из отступающих частей Северо-Кавказского фронта все еще продолжается на территории Закавказского фронта. Пользуясь бесконтрольностью и отсутствием службы войскового заграждения, эти люди используют воинские, санитарные и товарные поезда для быстрого перемещения с одного места на другое. Командование Махачкалинской дивизии обязывалось немедленно выставить в границах укрепрайона постоянно действующие КПП на подступах к городам, на железнодорожных станциях и в морском порту, проверять поезда. Немедленный разбор дел задержанных возлагался на прокуратуру и начальника особого отдела армии.
С учетом наличия значительного количества частей и соединений войск НКВД на фронте Северной группы войск Закавказского фронта, директивой ее командования от 23 августа на период боевых действий были определены вопросы взаимодействия между войсками НКВД и полевыми войсками Красной Армии, действующими на фронте группы. В приказной части директивы говорилось, что:
– полевые войска, выполняющие боевые задачи, взаимодействуя с частями НКВД, занимают оборонительные позиции, подготовленные гарнизонами в укрепрайонах вдоль важнейших дорог и на перевалах, ведущих через Главный Кавказский хребет;
– все части НКВД, находящиеся в полосе обороны войск Северной группы войск, выполняют боевые задачи в соответствии с приказами и распоряжениями командования гарнизонов и оперативных направлений, исходящих от армейского руководства. При этом части НКВД не могут быть использованы в обороне в составе боевых порядков частей и подразделений действующей армии;
– части войск НКВД занимают отведенные им участки и районы обороны, которые они не могут покинуть без приказа НКВД СССР;
– запрещается использовать части НКВД для частных контратак противника в составе боевых порядков подразделений действующей армии;
– в случае отхода полевых войск в район обороны частей войск НКВД прибывшие подразделения выводятся на фланги гарнизона или полевого укрепрайона, где приводят себя в порядок, занимают заранее подготовленные позиции, составляют второй и третий эшелоны боевого порядка обороны;
– полевые войска, отходящие в укрепрайон, обороняющийся частями НКВД, решительными действиями деблокируют гарнизон войск НКВД и совместными усилиями уничтожают противника;