Органы НКГБ, НКВД, военная контрразведка, разведывательные аппараты пограничных войск НКВД проделали в предвоенное время большую работу по разоблачению и ликвидации вражеской агентуры и враждебных формирований. Так, в течение 1940 и первого квартала 1941 годов в западных районах Белоруссии, Украины, Прибалтики было раскрыто и ликвидировано 66 резидентур германской разведки, 1596 немецких агентов и их пособников. За семь месяцев 1940 года на территории Киевского особого военного округа было разоблачено и уничтожено 30 оуновских и родственных им банд. Только в течение последних предвоенных четырех суток было ликвидировано 211 диверсионно-разведывательных групп[6]. Общее количество вражеской агентуры, задержанной на всем протяжении западной границы СССР в первом квартале 1941 года, увеличилось по сравнению с 1940 годом в 5 раз, при этом на важных оперативных направлениях – в 10–12 раз[7].
В предвоенные годы западную границу СССР прикрывали: 6-й, 9-й, 10-й, 12-й, 105-й, 106-й, 107-й пограничные отряды. В приграничных районах в это время дислоцировались 11 полков оперативного назначения, четыре дивизии войск НКВД по охране железнодорожных сооружений, одна дивизия и две бригады конвойных войск. Из состава частей оперативного назначения в Прибалтике борьбу с профашистскими националистическими формированиями вели 1-й, 3-й, 5-й мотострелковые полки. Общая численность пограничных частей, частей оперативного назначения и других войск НКВД составляла около 100 000 человек[8].
Однако, несмотря на столь значительные силы и результативность действий органов НКГБ, военной разведки и контрразведки, войск НКВД, многие шпионы, диверсанты, националистического толка банды уцелели. Одной из причин неудач в борьбе с враждебным и преступным элементом в Прибалтике являлась слабо развитая агентурная сеть на местном уровне: в войсках НКВД она отсутствовала как таковая, не хватило времени на ее создание. В пограничных войсках она имелась, но лишь в интересах охраны государственной границы. В приграничных районах операции по ликвидации диверсионных групп и враждебны вооруженных формирований велись по большей части без оперативной осведомленности о положении дел, сугубо войсковыми методами. Потому многие из бандгрупп оказались не обнаруженными, сумели подготовиться и с началом войны приступили к активным действиям.
Оперативную обстановку в Прибалтике и Западных приграничных районах страны к началу войны можно характеризовать наличием значительного количества вооруженных враждебных СССР формирований (политический бандитизм), пользующихся, в подавляющемся большинстве, поддержкой местного населения, малым количеством бандформирований криминального толка, наличием лесных массивов, способных укрывать большие и малые националистические группы и организации, вражеских шпионов, диверсантов.