Большим событием в деятельности войск НКВД по охране железнодорожных сооружений стала передача в их ведение всех объектов НКПС СССР. При этом сразу же возникли организационные трудности в руководстве личным составом, осуществляющим охрану железнодорожных объектов, как в системе НКПС, так и в НКВД. Проблемы возникали вследствие того, что на одних объектах предприятия службу несли подразделения войск НКВД, на других – стрелковая охрана НКПС. При этом личный состав и того и другого ведомств не был подчинен друг другу ни в ведомственном, ни в оперативном отношении. В целях приведения охраны железнодорожных сооружений в соответствие с условиями военного времени решением Государственного Комитета Обороны от 14 декабря 1941 года военизированная стрелковая охрана НКПС была упразднена. На основании решения ГКО СССР 25 декабря 1941 года был подписан приказ НКВД СССР и НКПС СССР, которым на войска НКВД, охраняющие железнодорожные сооружения, была возложена задача взять под свою опеку станционные и линейные сооружения, грузы в их границах, денежные кассы, а также сопровождать вагоны с большими ценностями[142]. В связи с расширением обязанностей количество объектов, охраняемых частями НКВД, резко возросло. Если на 1 января 1942 года охранялись 2623 объекта, то после того, как были взяты под охрану новые, их общее количество возросло на 65 %. Решением ГКО СССР на войска, кроме того, была возложена задача охранять на подведомственных территориях правительственную линию связи ВЧ, хотя дополнительные штаты для выполнения задач не предусматривались[143]. Вследствие успешного наступления Красной Армии зимой в 1941 и 1942 годах количество принятых под охрану объектов тоже увеличилось.
В целях более оперативного решения возросших задач дальнейшего совершенствования служебно-боевой деятельности на основании решения ГКО СССР приказом НКВД СССР от 19 января 1942 г. было вновь проведено разделение на ведомственные войска по охране особо важных предприятий промышленности и войска по охране железнодорожных сооружений, с подчинением еще раз созданным своим Управлениям. При этом численность личного состава в войсках была увеличена, и Управления смогли сформировать ряд новых соединений и частей.
На основании совместного приказа НКВД СССР и НКПС СССР от 15 февраля 1942 года частям по охране железнодорожных сооружений было вменено в обязанность охранять и сопровождать грузы по железным дорогам. Для выполнения задачи из личного состава подразделений формировались наряды местного и дальнего сопровождения. Первые сопровождали грузы при прохождении или в процессе их перемещения в пределах периметра объекта, вторые – в процессе следования за его пределами. При этом наряд исчислялся из расчета одного суточного трехсменного поста на 6–7 вагонов.