Верно, едва ли не самым близким человеком подростку стал его духовник, протопоп Яков Игнатьев, энергичный, богословски начитанный и умный. Игнатьев любил царевича и не любил Петра; он устроил ребенку свидание с матерью, через него Алексей переписывался с нею; будучи глубоко верующим человеком, Игнатьев, несомненно, осуждал Петра за пострижение жены. Однажды, после одного из наездов царя, когда тот избил сына и Алексей покаялся на исповеди, что думает о смерти отца, протопоп ответил: «Бог тебя простит; мы и все желаем ему смерти для того, что в народе тягости много!» Появлялись при дворе царевича монахи и священники, которые потом рассказывали, что царевич, в отличие от отца, любит читать Библию, аккуратно посещает церковь, чтит «церковное святыми иконами украшение, архиерейское, архимандричье и иерейское разное облачение и украшение и всякое церковное благолепие». В народе, шокированном слухами (а для столичных жителей — и зрелищем) о «всешутейшем и всепьянейшем соборе» — нарочитом издевательстве над верой, — это, несомненно, находило отклик, а известия об этом доходили до петербургского двора.
Но интереснее другое. К царевичу благоволили два высших иерарха православной церкви, которых уважал даже Петр и которые меньше всего были мракобесами или противниками просвещения. Одним из них был Иов, митрополит Новгородский, — ревностный создатель богоугодных заведений в России. Другим — местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский, который, несмотря на свою нерешительность и робость перед царем, осмеливался обличать произвол и злоупотребления властей, увлечение некоего правителя лютеранством, его греховную жизнь и указывал на гонение нелюбимого сына. Конечно, все это делалось в иносказательной форме, но слушавшие проповеди митрополита Стефана понимали, что речь идет о Петре, Екатерине и Алексее.
По-видимому, церковь — и на массовом уровне, и в лице ее просвещенных иерархов — возлагала надежды на Алексея, на его будущее царствование. И не только церковь. Родовитая знать — Голицыны, Долгорукие, Куракины, Шереметев, оскорбленные засильем временщиков, прежде всего врага Алексея — Меншикова, мечтавшие о просвещенном государстве и каком-то ограничении безудержного деспотизма, выказывали явное расположение к царевичу. Князь Дмитрий Михайлович Голицын, киевский губернатор и будущий инициатор первой в истории России конституции (при Анне Иоанновне), переписывался с царевичем и привозил ему книги, до которых оба были охочи. Разделял взгляды Д. М. Голицына и его младший брат, о котором царевич говорил: «Князь Михаил Михайлович был мне друг же». Любимец Петра князь Яков Федорович Долгорукий, один из самых способных русских генералов князь Василий Владимирович Долгорукий, князь Борис Иванович Куракин, просвещенный человек с европейским лоском, — все они благоволили Алексею и, думается, ждали многого от его царствования. «Ты умнее отца, — говорил царевичу В. В. Долгорукий. — Отец твой хотя и умен, да людей не знает, а ты умных людей знать будешь лучше».