Петр никогда не признавался в трусости, но, теперь не воспринимая Софью как соперницу, а относясь к ней только как к инокине Сусанне, он поведал ей, что тогда страшно испугался. Вскочил в седло и, в чем был, умчался в панике в лес, куда затем ему привезли одежду и обувь. Он проскакал около сорока верст и добрался до Троице-Сергиева монастыря, где, она помнила каждое его слово, "бросился на кровать и громко зарыдал, а потом рассказал обо всем настоятелю, просил у него помощи и защиты". Потом, в ту же ночь, в монастырь приехали его жена, мать и потешные полки, а на следующий день - лояльно настроенный стрелецкий полк Сухарева. Перепуганный, молодой и неопытный, да еще к тому же обладающий неустойчивой психикой, Петр действительно опасался за свою жизнь. А его советники использовали натянутые отношения Петра и Софьи, чтобы еще больше усилить это противостояние. Память о событиях 1682 года была еще жива, и Петр с ужасом внимал слухам о стрелецком восстании. Требовался лишь один небольшой повод, чтобы из небольшого огня вспыхнул пожар.
Никакие кризисы, волнения, смуты никогда не отвлекали Софью от строгого соблюдения религиозных церковных обрядов. Она поддерживала тесную связь с монастырями, которым помогала материально, особенно Новодевичьему, посещала все главные службы в церкви, постоянно молилась. Несмотря на августовский кризис 1689 года, она присутствовала на крестном ходе из Чудовского монастыря, а после вечернего пения вместе с Иваном слушала панихиду по своим родителям сначала в Архангельском соборе, а затем в церкви Вознесенского девичьего монастыря, где были захоронены царь Алексей Михайлович и царица Мария Милославская.
В этот же день приехал гонец от Петра, чтобы узнать причину сбора в Кремле такого количества стрельцов, и получил ответ, что это сделано для того, чтобы охранять царевну по пути в монастырь, куда она должна была отправиться на богомолье. Через несколько дней Софья провожала чудотворную икону Донской Богоматери, которая была в крымском походе, из Кремля в Донской монастырь. С Софьей были бояре и воеводы. 12 августа царевна вернулась в Кремль. Она полностью игнорировала то напряжение, которое исходило со стороны Петра, продолжала смело являться перед народом и все так же поддерживала версию великой крымской победы. А Петр по-прежнему пребывал в "своем государском Троецком отъезде".
Распорядок церковных православных праздников, которых летом особенно много, ничто не нарушало. Отмечали Успение Пресвятой Богородицы. Накануне царевна слушала вечерню и молебное пение в Успенском соборе, а на само Успение присутствовала на божественной литургии. На следующий день привезли новое письменное распоряжение Петра, с приказом стрельцам и пехотным полкам прибыть к 18 августа в Троицкий монастырь. Что это могло значить для Софьи? Явное пренебрежение ее полномочиями со стороны брата и желание показать, кто в доме хозяин.