• 11-й отдел – шифровальный (начальник – полковник госбезопасности Иван Александрович Чертов).
Также имелись политотдел, состоявший из начальника – полковника Никифора Матвеевича Сиденькова и машинистки, аппарат 16 помощников (по числу фронтов) начальника ГУКР (69 человек, по должности – начальников отделений, старших оперуполномоченных и их помощников), административно-финансово-хозяйственный отдел (начальник – подполковник госбезопасности Сергей Андреевич Половнев), отдел кадров (начальник – полковник госбезопасности Иван Иванович Врадий) и секретариат (полковник Иван Александрович Чернов) [3]. Численность центрального аппарата ГУКР СМЕРШ НКО составляла 646 чел.
Заместителями начальника УКР СМЕРШ НК ВМФ были генерал-майоры береговой службы Алексей Павлович Лебедев и Сергей Григорьевич Духович.
Органам СМЕРШа в действующей армии была определена штатная численность сотрудников. Управлению фронта, насчитывавшего более 5 армий, полагалось 130 сотрудников, не более 4 армий – 112, армейским ОКР – 57, окружным – от 102 до 193, причем наиболее многочисленным был ОКР СМЕРШ Московского военного округа. Также были приданы войсковые соединения, охранявшие места дислокации органов военной контрразведки и фильтрационных пунктов, конвоировавшие арестованных военнослужащих Красной Армии. Так, ОКР СМЕРШ бригады, дивизии и корпуса располагал для этих целей взводом, армейский отдел – ротой, управление фронта – батальоном [4].
Практически сразу после перехода военной контрразведки в ведение Наркомата обороны особистам были присвоены общевойсковые воинские звания вместо имевшихся ранее спецзваний госбезопасности. Приказом наркома обороны Маршала Советского Союза И. В. Сталина от 29 апреля 1943 года офицеры, имевшие звания от младшего лейтенанта до полковника ГБ, получили аналогичные воинские звания.
Через месяц, 26 мая 1943 года, указом Президиума Верховного Совета СССР, опубликованным в центральной печати, звание «генерал-лейтенант» было присвоено заместителям начальника ГУКР СМЕРШ И. Я. Бабичу, П. Я. Мешику и Н. Н. Селивановскому, а также начальнику УКР СМЕРШ Западного фронта Павлу Васильевичу Зеленину. Звание «генерал-майор» получили 36 человек, в том числе помощник начальника ГУКР Александр Александрович Авсеевич, начальник УКР СМЕРШ Северо-Кавказского фронта Михаил Ильич Белкин, заместитель начальника УКР СМЕРШ 1 Украинского фронта Александр Михайлович Белянов, помощник Абакумова Григорий Самойлович Болотин, начальник УКР СМЕРШ Ленинградского фронта Александр Семенович Быстров, начальник УКР СМЕРШ Центрального фронта Александр Анатольевич Вадис, заместители Абакумова Иван Иванович Врадий и Иван Иванович Москаленко, начальник 1 отдела ГУКР СМЕРШ Иван Иванович Горгонов, начальник ОКР СМЕРШ армии Ленинградского фронта Федор Иванович Гусев, начальник ОКР СМЕРШ 3-й Ударной армии Калининского фронта Александр Михайлович Давыдов, начальник УКР СМЕРШ Северо-Западного фронта Яков Афанасьевич Едунов, начальник УКР СМЕРШ Брянского фронта Николай Иванович Железников, начальник УКР СМЕРШ Юго-Западного фронта Петр Иванович Ивашутин, начальник УКР СМЕРШ Южного фронта Николай Кузьмич Ковальчук, Сергей Федорович Кожевников, Иван Петрович Коновалов, начальник УКР СМЕРШ Степного округа (с июля того же года – Степного фронта) Николай Андрианович Королев, начальник ОКР СМЕРШ Уральского военного округа Георгий Семенович Марсельский, начальник УКР СМЕРШ Волховского фронта Дмитрий Иванович Мельников, помощники начальника ГУКР Александр Петрович Мисюрев и Константин Павлович Прохоренко, начальник УКР СМЕРШ Воронежского фронта Николай Алексеевич Осетров, начальник ОКР САВО Илья Семенович Павлов, помощник Абакумова Вячеслав Павлович Рогов, Михаил Енукович Ростомашвили, помощник Абакумова Иван Тимофеевич Русак, начальник УКР СМЕРШ Закавказского фронта Николай Максимович Рухадзе, начальник УКР СМЕРШ Забайкальского фронта Иван Тимофеевич Салоимский, начальник УКР СМЕРШ Карельского фронта Алексей Матвеевич Сиднев, начальник 4 отдела ГУКР Петр Петрович Тимофеев, начальник УКР МВО Федор Яковлевич Тутушкин, начальник УКР СМЕРШ Калининского фронта Николай Георгиевич Ханников, начальник УКР СМЕРШ Дальневосточного фронта Александр Николаевич Чесноков. 64 чекиста были произведены в полковники.