Между Оппенгеймером и Эйнштейном в итоге установилась хрупкая дружба, сердечная, но не задушевная, с демонстрацией благосклонности и расположения. Однажды Оппенгеймер преподнес старику сюрприз, в качестве подарка на день рождения установив на доме на Мерсер-стрит радиомачту и обеспечив Эйнштейну возможность по вечерам слушать любимую музыку. В Эйнштейне Оппенгеймер обнаружил союзника, поддержавшего его в самые черные дни. Во время работы в Беркли Оппенгеймер пережил стремительный взлет и показал чудеса стратегического управления в рамках Манхэттенского проекта. Он прочно вошел в правящую верхушку как член семерки из комиссии по атомной энергии США, наблюдающей за послевоенными атомными проектами и применением атомной энергии. Он вызывал немалое раздражение, не желая подписываться под наиболее необычными ядерными проектами, такими как ядерный самолет, способный находиться в воздухе сутками, или водородная бомба, затмевающая своей мощью бомбы, сброшенные на Хиросиму и Нагасаки. Подобными действиями Оппенгеймер нажил себе немало врагов. И во время антикоммунистической истерии, начавшейся в 1950-х в эпоху Маккарти, эти враги нанесли удар.
В 1953 году в журнале Fortune Оппенгеймер подвергся резкой критике за «настойчивые попытки поменять направление военной политики США» и был обвинен в заговоре с целью помешать разработкам водородной бомбы. В результате он лишился допуска к секретной работе и был признан угрозой национальной безопасности Соединенных Штатов. В 1954 году Оппенгеймер настоял на проведении слушаний и был частично оправдан, но вернуть допуск не удалось. Отчет по результатам слушаний исчерпывающе сообщал: «Продолжающееся поведение и связи доктора Оппенгеймера указывают на серьезное пренебрежение требованиями безопасности». Оппенгеймер утратил свое положение в кругах вашингтонской элиты.
Эйнштейн никогда не понимал, чем Оппенгеймера так привлекала власть, почему для него настолько важным было положение ведущего правительственного чиновника? Как знаменосец мирового пацифизма, Эйнштейн не мог взять в толк, почему симпатизирующий его взглядам Оппенгеймер не может громче высказывать свое неодобрение гонке вооружений. Сам Эйнштейн не удержался от телевыступления с воззванием против зла «супербомбы», что стало причиной заголовков «Эйнштейн предупреждает мир: запретить бомбу или погибнуть».
В последние, самые одинокие дни Эйнштейн снова обрел известность. Издали ситуация выглядела иронично. На одном этаже института Эйнштейн помогал рисовать пацифистские Плакаты против распространения ядерного оружия, а на другом Оппенгеймер обдумывал планы создания водородной бомбы. Однако Эйнштейн мог позволить себе подобную активность. Он был слишком известен, чтобы его затронула антикоммунистическая истерия. Поэтому если Оппенгеймеру, ключевой фигуре американского ядерного господства, после того как он был сброшен с трона и унижен слушаниями по допуску, приходилось соблюдать осторожность, чтобы его не связали с коммунистической угрозой, Эйнштейн забыл всякую осторожность. Он публично поносил слушания и писал в