Решив стать ботаником, Ивановский с большим интересом стал работать в научном кружке и вскоре обратил на себя внимание руководителя профессора А. С. Фаминцына. По его рекомендации Петербургское общество естествоиспытателей командировало Ивановского в Крым для изучения болезней табака. После тщательно выполненной работы Ивановскому несколько лет подряд поручалось продолжение изучения этой распространенной болезни листьев табака в других южных районах страны. Его кандидатской диссертации «О двух болезнях табачных растений» суждено было стать колыбелью величайшего события в естествознании на пороге XX в. — зарождения новой науки вирусологии. Замечательное открытие Ивановского стало гордостью отечественной науки и завоевало ей приоритет в этой области знаний.
Своему увлечению избранной наукой он был бесконечно предан. В его дневнике есть такая запись: «Я забыл думать о других науках, стал заниматься физиологией растений и чувствую себя очень хорошо». Это чувствовали и учителя Ивановского А. Н. Бекетов и А. С. Фаминцын. Они не только открыли ему путь в науку, не только готовили из него образованного ботаника-дарвиниста, но учили и гражданскому мужеству.
Школа выдающегося ботаника и популяризатора дарвинизма в России профессора Бекетова сказалась на научном мировоззрении молодого Ивановского. И когда Петербургский университет поручил ему произнести на торжественном заседании в 1908 г. актовую речь, Ивановский избрал тему «Экспериментальный метод в вопросах эволюции». Он говорил, что в экспериментальных условиях подтверждено то, что обнаружено в природе: о «поразительной зависимости формы от условий внешней среды» и что экспериментальные исследования «доставили уже доказательства в пользу эволюционного значения этого факта». Для ученого России тех времен было опасно прослыть дарвинистом, ибо реакционные власти подавляли всякие прогрессивные взгляды и преследовали за них.
Урок гражданского мужества дал ему человек, которого Ивановский глубоко уважал и чтил как самого близкого учителя и друга. Это был А. С. Фаминцын. Когда реакционеры забаллотировали при выборах в Академию наук Д. И. Менделеева, профессор Фаминцын свой протест выразил в письме к президенту Академии Д. А. Толстому, в котором, в частности, писал: «…забаллотирование Д. И. Менделеева… произвело на ученых русских удручающее впечатление. Стало ясным, что не оценкой научных трудов… а какими-то посторонними соображениями руководствовалось большинство академического собрания… До сих пор русские ученые не могут простить Академии этого проступка». Это было смелым обличением реакционеров.