Значение Черноморского флота к этому времени хорошо понимали все политические силы и противоборствующие стороны. Большевистский Совнарком, не без основания опасавшийся захвата флота Германией, уже санкционировал предложение Коллегии Морского Комиссариата о перебазировании сохранившихся в строю кораблей в Новороссийск.
Выполнить это решение оказалось не так просто: реальной советской власти в Крыму не существовало, на кораблях бушевали политические страсти. В сложном положении оказался командовавший флотом бывший контр-адмирал М.П. Саблин, который искренне хотел сохранения флота для России, но не одобрял политической линии большевиков. До последнего момента Саблин пытался найти компромисс. Он даже согласился поднять украинские флаги и отдал приказание на выход главных сил только после провала переговоров с германским командованием. Большую решимость и инициативу в спасении флота тогда проявили командиры эскадренных миноносцев «Калиакрия» и «Керчь» Е.С. Гернет и В.А. Кукель-Краевский. Линкоры покинули Севастополь под огнем германских орудий, а часть кораблей так и не смогла выйти из бухты. Эскадренный миноносец «Гневный», не выдержав обстрела, выбросился на берег.
1–2 июня 1918 года действующий Черноморский флот сосредоточился в Новороссийске, а разоруженные корабли и все подводные лодки немедленно были захвачены немцами.
Германское командование, заменившее безответственную Центральную раду в Киеве новым правительством гетмана Скоропадского, недолго торжествовало победу. Не за горами было поражение Германии. На юге России еще более двух лет продолжалась кровопролитная борьба, в огне которой сгорел Черноморский флот. С осени 1918 года в этот огонь заботливо подливали масло бывшие союзники России — Великобритания, Франция, США.
18 июня 1918 года, под угрозой захвата германскими войсками Новороссийска, в ближайших бухтах по секретному приказу Совнаркома были затоплены линкор «Свободная Россия», одиннадцать эскадренных миноносцев и миноносцев. Решение о затоплении, обоснованное по существу, выполнялось поспешно и в обстановке ежедневной смены политических настроений команд. В результате подрыва и затопления на больших глубинах почти все эти корабли стали безвозвратными потерями: впоследствии удалось восстановить только один эскадренный миноносец.
Часть матросов и офицеров отказались выполнить приказ большевистского правительства. Линкор «Воля», семь эсминцев и миноносцев вернулись в Севастополь и были немедленно захвачены немцами. Чередование Андреевского, красного и жовтно-блакитного флагов тогда окончилось подъемом флага Германской империи.