Однако эти планы были нарушены неожиданным военным выступлением Швеции, объявившей в 1788 году войну России. Посылка Балтийской эскадры, естественно, не состоялась. Кроме этого, крайне необходимые на юге войска пришлось оттягивать к Санкт-Петербургу.
В результате молодому, основанному в 1783 году, Черноморскому флоту пришлось рассчитывать только на свои силы, которых к началу войны было явно недостаточно. Так, из двенадцати линейных кораблей, предусмотренных штатом 1785 года, к лету 1767 года успели построить только шесть. Но из них 66-пушечный «Александр» потерпел крушение и погиб вскоре после окончания постройки (1786 год), а два корабля, включая первый 80-пушечный корабль «Иосиф II», не были еще выведены из Херсона. В дополнение к линейным кораблям имелось еще три больших и одиннадцать малых фрегатов, три из последних — уже весьма ненадежные к плаванию. В Днепровском лимане готовилась также гребная флотилия из галер и дубель-шлюпок, а для действий в открытом море — небольшие крейсерские парусные суда под командованием греков-добровольцев.
Первоначально главные силы основанного в 1783 году на базе Азовской флотилии Черноморского флота составляли так называемые новоизобретенные корабли и 40 (44)-пушечные фрегаты, построенные на донских верфях (Новохоперской и Гнилотонской).
Первый корабль — 60-пушечный «Св. Екатерина» — был заложен в Херсонском адмиралтействе в 1779 году, однако «первый блин» вышел «комом». Позднее ветхий набор этого корабля (неудачного чертежа) разобрали на стапеле. Почти одновременно в Херсоне начали строить 66-пушечные корабли. Вскоре один за другим были спущены на воду «Слава Екатерины» (1783), «Святой Павел» (1784), «Мария Магдалина» (1785), «Александр» (1786), «Владимир» (1787). В 1786–1787 годах в Херсоне тем же корабельным мастером и Афанасьевым был построен первый на Черном море 80-пушечный двухдечный корабль «Иосиф II» (с 1789 г. — «Рождество Христово»).
В 1784–1787 годах Афанасьев построил в Херсоне три больших 50-пушечных фрегата: «Св. Георгий Победоносец», «Апостол Андрей» («Св. Андрей Первозванный») и «Александр Невский». На Гнилотонской верфи в это время продолжалась постройка 40-пушечных фрегатов, а на верфи Рогожские хутора (на Дону) с 1783 года корабельные мастера Должников, а потом Иванов и Катасанов начали строить 46-пушечные фрегаты «с большими орудиями».
В 1788–1791 годах на верфях Херсона, Николаева и Рогожских хуторов (Азовский бассейн) удалось построить три линейных корабля, восемь больших фрегатов и значительное число гребных судов. Но это пополнение ни количеством, ни качеством кораблей еще не обеспечивало необходимого для ведения войны боевого состава флота. Не случайно в 1788 году особым распоряжением ГА. Потемкина, назначенного главнокомандующим всей армией и Черноморским флотом, было предписано именовать большие 46-пушечные и 50-пушечные фрегаты линейными кораблями. Такая импровизация считалась необходимой хотя бы для примерного уравнения российской линии баталии с турецкой.