Было совершенно очевидно, что лидеры коммунистов вернулись в джунгли. В 1948 году они начали вооруженную борьбу, убивая плантаторов-малайцев и англичан. Колониальные власти объявили чрезвычайное положение и начали военные действия против партизан. Поначалу война велась не слишком успешно, ибо среди китайского населения имелось множество сочувствовавших коммунистам и их активных сторонников. Чтобы прекратить снабжение партизан продовольствием и деньгами, пришлось ввести комендантский час и переселить китайских фермеров, незаконно занимавшихся сельским хозяйством на участках, прилегавших к джунглям, в так называемые укрепленные «новые деревни». («New Villages») Принимая решение работать совместно с МКА и предоставить гражданство китайцам, ОМНО пыталась изолировать коммунистов от большинства китайского населения. Эта стратегия оказалась успешной, потому что большинство китайцев оценило великодушие, проявленное ОМНО в вопросе о предоставлении им гражданства и поддержало борьбу с коммунистами и борьбу за независимость. Поэтому первое в истории малайских государств демократически избранное правительство смогло добиться предоставления независимости и объединить малайцев и китайцев в борьбе против коммунистических повстанцев, что, в конце концов, позволило разгромить партизан. Правительство также признавало особое положение малайского большинства, тем не менее, в течение первого десятилетия после провозглашения независимости, после того как малайцы столкнулись с реалиями, эйфория улетучилась. За исключением того, что малайцы сменили англичан в государственной администрации, в их статусе не произошло значительных изменений: по сравнению с китайцами они оставались бедными. Малайские лидеры в тот период пришли к выводу, что пределом мечтаний для малайца была карьера государственного служащего, а для китайца — карьера бизнесмена. Возможно, в большинстве случаев так оно и было, тем не менее, значительное число малайцев стремилось к тому, чтобы разбогатеть, что, как они видели, было возможно в сфере бизнеса, а некоторые китайцы считали, что и у них было право работать в государственной администрации, где после ухода англичан появились вакансии. По мере того как малайцы и китайцы все яснее заявляли о своем желании работать в традиционных сферах влияния друг друга, напряженность в обществе нарастала, а отношения между ОМНО и МКА становились все более напряженными. К примеру, попытки правительства выделить некоторым малайцам лицензии на торговлю сигаретами натолкнулись на фактический бойкот со стороны китайцев.