Подпрапорщики пользовались некоторою независимостью. Хотя они жили в стенах заведения, но им не возбранялось иметь личную прислугу из собственных крепостных или наемных людей. Часто отлучались они из Школы и в будни. Считаясь состоящими на службе, молодые люди, вступая в число воспитанников, принимали присягу.
С восшествием на престол императора Николая I Школа была отдана в ведение великого князя Михаила Павловича. Заведение это скоро было преобразовано, и вместо одной роты, которую составляли подпрапорщики, был учрежден и кавалерийский эскадрон. Великий князь обратил свое особенное внимание на фронтовые занятия, и обучение строю стало практиковаться чаще. Так, манежная езда производилась теперь от 10 часов утра до часу пополудни, а лекции были перенесены на вечерние часы. Было запрещено читать книги литературного содержания, что, впрочем, не всегда выполнялось, и вообще полагалось стеснить умственное развитие молодых питомцев Школы. Так как вся вина политических смут была взведена правительством на воспитание, то прежняя либеральная система была признана пагубною. Занятый другими делами, великий князь, однако, не часто посещал заведение, почему дух ее под руководством прежнего начальства мало изменился. Дело получило иной оборот после турецкой кампании, когда великий князь Михаил Павлович был назначен начальником всех военно-учебных заведений. Тогда с 1830 года он принял живое участие в преуспеянии Школы и стал посещать ее почти еженедельно. «Историческая правда, – замечает автор истории Школы, – обязывает сказать, что эти посещения всегда сопровождались грозою». Неудовольствия великого князя на Школу начались с неудачного представления ординарцев, явившихся в один из воскресных дней. Сделав по этому поводу строжайший выговор командиру роты, великий князь приказал арестовать офицеров, которые, по его мнению, мало внушали юнкерам правильное понятие о дисциплине и обязанностях нижних чинов в этом отношении к офицерам. Последнее замечание вызвано было тем, что великий князь встретил на Невском проспекте подпрапорщика Тулубьева, который шел рядом с родным своим братом, офицером Преображенского полка. Другие юнкера также неоднократно замечались его высочеством в разговоре с офицерами на улице. Все они немедленно отправлялись в Школу, под строгий арест, и, наконец, великий князь приказал объявить свою волю, что за подобные проступки, как нарушающие военное чинопочитание, виновные будут выписываться им в армию. Заметив также, что воспитанники Школы часто отлучаются со двора в будни, и приписывая это слабости ближайшего начальства, он приказал на будущее время такие отпуски прекратить.