Все это довело Алексея Михайловича до того, что в письме к патриарху иерусалимскому он с горечью и без былых ухитрений и скрывания правды откровенно высказывал свои пессимистические взгляды на церковную смуту: «В Московии весь церковный чин в несогласии, в церквах Божиих каждый служит своим нравам». И при всем этом московиты еще что-то требовали от православных литвин на захваченных территориях! Правили правильное православие соседей!? Хулили их за отличие от московской веры!?
Алексей Михайлович еще не забыл бунта приверженцев креститься не щепотью, а двумя, как прежде, перстами, под стенами Смоленска. Сейчас бунтари и староверы, воодушевленные возвращением Никона — пусть Никон и был сторонником как раз щепоти, тем не менее, люди воспринимали расстригу патриарха как знамя борьбы с нововведениями — поднимали головы, и царь, собравший пять тысяч ратников, чтобы послать Хованскому в подкрепление для удержания Витебского воеводства, решил придержал эту рать для Москвы, где становилось явно неспокойно.
Срочное собранное Алексеем Михайловичем заседание бояр и епископов предписало Никону немедленно, «до восхода солнца», вернуться в свой Вознесенский монастырь, где для него был заведен суровый режим. В ожидании окончательного решения положения Никона представители царя, боярин Семен Лукьянович Стрешнев и новый, недавно приехавший в Москву грек Паисий Лигарид, предложили Никону тридцать вопросов, на которые бывший патриарх ответил монументальным трактатом в 955 страниц. Это «Возражение или разорение смиренного Никона, Божиею милостью патриарха» явно показывало, что «смиренный Никон» вовсе не смирился пред лицом грозной для него судьбы. Суета и переполох из-за Никона сорвали переговоры со шведами. Де ла Гарды уехал в Ливонию, не уступив царю ничего из того, что Алексей Михайлович просил. Да царю было и не до этого. Староверы, протестуя против нововведений, начали акты самосожжения, что еще больше всколыхнуло Московию. Число приверженцев древнего православия в лесах между Волгой и Белым морем было особенно велико. Здесь главным возмутителем против царя был игумен небольшого Беседного Николина монастыря Досифей, ставший в 1662 году настоятелем этой лежавшей около Тихвина обители. «Великий авва», «равноангельский отец», как его называли старообрядцы, был энергичным и умным человеком, который до поры до времени сидел тихо, пристально присматриваясь к событиям в Москве. Теперь же настало время протестов.
В Нижегородском уезде чернецы, когда пришли за ними стрельцы, запершись в кельях, подожгли себя и сгорели. А из Вологды воевода Зубов доносил, что «в прошлом году померло без покаяния и без причастия мужского и женского полу девять человек, покончив жизнь самоубийством, да в нынешнем году в марте месяце — четыре человека, нанеся в избу сена и запершись, изнутри сожгли и сами згорели. Да семь человек, утаясь от людей, вышли из деревни ночью в поле, сели в дехтярном струбе, зажгли сами и в том струбе згорели».