Прибыв в Николаев, Нахимов получает многообещающее назначение командиром на строящийся линейный корабль «Силистрия». И сразу же, как всегда, энергично принимается за работу. Одному из своих друзей он пишет в это время: «В Кронштадте я плакал от безделья, боюсь, чтоб не заплакать здесь от дела». Тогда же за отличие в службе получает он и свой следующий чин капитана 2 ранга.
Естественно, что предводимая рукой столь ревностного командира «Силистрия» вскоре по праву становится лучшим кораблем Черноморского флота. Поразительно, но Нахимов относился к своему кораблю, как к существу одушевленному, именуя его не иначе как «юношей». Когда же он по болезни вынужден на некоторое время отсутствовать, то в письмах очень переживает за то, в какие руки попадет его «юноша» и как пойдет его «воспитание» дальше.
Командуя «Силистрией», Нахимов участвует в высадках десанта против кавказских горцев при Туапсе и Псезуапе. В ходе этих операций на «Силистрии» неизменно держал свой флаг адмирал Лазарев. Там же был и начальник штаба эскадры только что произведенный в капитаны 2 ранга Корнилов. Рядом с флагманским кораблем неотлучно следовала и посыльная шхуна «Ласточка» под началом капитан-лейтенанта Истомина… Снова учитель настойчиво передавал знания и опыт своим ученикам, словно предчувствуя, какие страшные испытания выпадут на их долю…
И опять, как несколько лет назад на Балтике, поведение Нахимова рождает целые легенды. Во время одного из выходов в море на «Силистрию» наваливается неудачно сманеврировавший корабль «Адрианополь». Тут же командир «Силистрии» бросается в самое опасное место, туда, где разлетается в щепу борт, и рвутся снасти. Когда же недоумевающие офицеры корабля спрашивают своего командира, зачем он подвергал свою жизнь опасности, то Нахимов невозмутимо отвечает:
«В мирное время такие случаи редки и командир должен ими пользоваться. Команда должна видеть присутствие духа в своем командире, ведь, может быть, мне придется идти с ней в сражение!
И здесь Нахимов идет своим, только ему присущим путем, и здесь он живет одним – подготовкой к возможной войне!
Впрочем, Михаил Петрович Лазарев своему ученику доверят безгранично, по праву считая его лучшим из лучших. В 1845 году Нахимов получает контр-адмиральские эполеты. Однако в жизни его ничего не меняется, все отдается только службе. Даже в редкие минуты отдыха он занят флотскими делами. Именно Нахимова избирают севастопольские офицеры общественным директором Морской библиотеки. Говорят, что любил он иногда выходить на Графскую пристань и в подзорную трубу подолгу рассматривать входящие и выходящие из бухты суда. От придирчивого взгляда адмирала нельзя было скрыть ни малейшую погрешность в такелаже.