Пространство между гон-деком и орлоп-деком называлось кубриком. Он занимал, как правило, всю длину корабля от форштевня до брот-камеры в кормовой части, где хранились сухари. Все, что было ниже кубрика, именовалось трюмом, который делился на несколько отсеков. В носовой и кормовой частях трюма имелись две крюйт-камеры для хранения пороха. Носовая крюйт-камера являлась основной, а кормовая – вспомогательной. На трехдечных 100-пушечных кораблях была еще и третья – «висячая» – крюйт-камера между грот– и фор-люками. Впереди кормовой крюйт-камеры в трюме находились капитанский и офицерский погреба для хранения их продовольствия, кроме этого, там имелись особые выгородки, в которых хранились ядра, бомбы и гранаты. В трюме у грот-мачты (то есть в центре корабля) устанавливали помпы для откачки воды. Эту часть трюма наиболее плотно загружали балластом. В трюме также хранилось продовольствие для команды в бочках (вино, пиво, мясо и масло). Сухая провизия в рогожных кулях размещалась выше на кубрике. Там же хранились котлы, весы и другая кухонная утварь. Средняя часть трюма в случае необходимости использовалась для размещения больных и раненных. Между фок– и грот-мачтами хранили: канаты, якоря, запасной такелаж. Под крюйт-камерой обычно размещалась кладовая с артиллерийскими принадлежностями: кокорами, рогами, зажигательными трубками и т. д. У входа в крюйт-камеру располагались шкиперские выгородки для хранения парусов. Вдоль бортов на палубе кубрика между помещениями и корпусом оставалось некоторое свободное пространство – это были так называемые галереи, которые предназначались для удобства осмотра обшивки бортов, заделки пробоин и устранения течи.
Интересно, что поверхность нижней палубы (гон-дека) делалась выпуклой для уменьшения длины отката пушек при выстреле. На нижней палубе устанавливались самые тяжелые орудия. На ней же жили и матросы, которые развешивали перед сном свои висячие койки-гамаки. Любопытно, что палубы и переборки в орудийных деках традиционно красили в красный цвет. Делалось это для того, чтобы вид крови во время боя не отвлекал команду. Любопытно, что традиция окраски палубы именно в красный цвет перешла на окраску пола в такой же цвет вначале в домах морских офицеров в Кронштадте, затем эта мода была привнесена в Петербург, а уже оттуда быстро распространилась по всей России. И сегодня в большинстве случаев дощатые полы у нас красят именно в красный цвет, продолжая тем самым традиции парусного флота.
В бортах военных судов делались пушенные окна-порты со ставнями на петлях. Перед стрельбой ставни открывали, орудия подтаскивали вплотную к борту, чтобы стволы выходили за борт. Делалось это во избежание возможного возгорания корабля при выстреле.