Война восточного и западного правительств против готов сопровождалась постоянно углубляющимся конфликтом между Стилихоном и восточным правительством. Стилихон считал себя, и имел на то некоторые основания, исполнителем последней воли Феодосия I, намереваясь распространить власть своего регентства на императора Аркадия и Восток. Существенную роль в этом конфликте играл контроль диоцезов Дакия и Македония, Восточной Иллирии. Эти территории после 380 г. какое-то время относились к Западу, но Аркадий настаивал на их возвращении, обосновывая это требование своим старшинством. Стилихон приложил руку к убийству Руфина, и преемник Руфина Евтропий, зная о намерении Стилихона приобрести влияние при восточном дворе, относился к своему западному сопернику с большим подозрением. В 397 г. Стилихон по наущению Евтропия был объявлен константинопольским сенатом государственным преступником. В течение следующего десятилетия обе части империи находились в состоянии то тайной, то открытой вражды друг с другом, даже несмотря на то, что в 395 г. Стилихон согласился уступить Восточную Иллирию Востоку.
Внутренняя политика Евтропия породила сильную оппозицию, выступавшую против евнуха. Дело закончилось его смещением и казнью в 399 г. Часть этой оппозиции была из мятежных остготов, обосновавшихся во Фригии, и их союзников-варваров. Несколько месяцев в 400 г. готы под началом своего бывшего военачальника Гаинаса занимали Константинополь. Этот кризис сообщил решающий импульс антигерманскому движению, набиравшему силу с момента заключения Феодосием I договоров с готами и последующего интенсивного проникновения в правительство и армию варварских элементов. Теперь главные силы готских повстанцев были ликвидированы – частично толпой в столице, частично имперской армией. Восточную армию очистили, по крайней мере временно, от некоторых варварских элементов, правда, после смерти Аркадия (408) германских солдат снова стали набирать в римскую армию. Однако эти новые федераты шли в нее не племенами, а по отдельности, соблюдали принятую у римлян дисциплину, служили под началом римских офицеров и потому представляли не слишком большую политическую опасность. В западной части империи такой реорганизации не было, и отряды федератов продолжали служить целыми племенами под командованием собственных лидеров. Более того, с этого времени и далее богатые и влиятельные люди в обеих половинах империи, особенно военные, часто нанимали и использовали большое количество личных кавалеристов, buccellarii, которые обычно были гуннами, германцами и прочими варварами. Как правило, они являлись отличными солдатами, но со временем оказывались источником политической опасности для западного правительства, потому что обычно были больше преданы своим нанимателям, чем императору. На Востоке регулярная армия оказалась достаточно сильной, чтобы принять федератов и не позволить buccellarii угрожать политической стабильности в стране.