Судебный процесс по делу Ковалева продолжался девять месяцев. Были опрошены сотни свидетелей, а само чтение приговора заняло более шести часов. Валентин Ковалев и Андрей Максимов были признаны виновными в хищениях путем растраты из Фонда общественной защиты гражданских прав, а также в получении взяток в виде земельных участков, квартир и денежных средств. Государственный обвинитель требовал для них шести лет лишения свободы, но суд приговорил к этому сроку условно, найдя такие смягчающие обстоятельства, как хронические болезни подсудимых и отсутствие у них судимостей в прошлом. Суд также постановил лишить Валентина Ковалева звания заслуженного юриста России. Описанные у осужденных квартиры, земельные участки и денежные средства в размере сорока тысяч долларов были конфискованы в пользу государства.
Когда Юрий Скуратов в своей книге «Вариант дракона» представил свою версию дела Ковалева, бывший министр юстиции подал иск о защите чести и достоинства. Суд частично удовлетворил иск Ковалева, признав не соответствующими действительности слова Скуратова о том, что дача в престижном Суханово в Ленинском районе Подмосковья была подарена экс-министру юстиции президентом компании «Русский сахар», интересы которой якобы лоббировал высокопоставленный чиновник.
До сих пор многие думают, что карьера Валентина Ковалева рухнула из-за его реальных или вымышленных банных похождений. На самом деле все обстояло совершенно иначе. За связь с проститутками в тюрьму не сажают, вообще далеко не у каждого повернется язык осудить человека за те сексуальные шалости, которые приписываются министру юстиции Валентину Алексеевичу Ковалеву. Его погубил компромат другого рода.
На сегодняшний день Валентин Ковалев может быть назван самым «невезучим» коррупционером России. Ни один чиновник его ранга не был осужден за растрату государственных средств и получение взяток. Печальный рекорд Ковалева вошел в новейшую историю нашей страны.