Поводом для конфликта президента и прокурора стала объявленная в феврале 1994 года Государственной думой амнистия, по которой на свободу должны были выйти заклятые враги Ельцина — бывший вице-президент Руцкой и председатель мятежного Верховного Совета Хасбулатов. Окружение Ельцина восприняло амнистию защитников Белого дома как свое политическое поражение, и на Казанника стали оказывать давление из Кремля. Как вспоминал Александр Коржаков, «Ельцин приказал сделать все что угодно, но из “Лефортова” никого не выпускать. Мы с Барсуковым (начальником Главного управления охраны) и с юристами-экспертами собрались в кабинете у Батурина (помощника президента России по правовым вопросам). Попросили приехать генерального прокурора России Казанника. К этому моменту он написал прошение об отставке и предупредил, что отправил бумагу президенту. На самом деле лукавил: никому ничего не отправлял.
Мы попросили Казанника:
— Потерпите с отставкой, давайте мирно решим вопрос. Вас ведь недавно назначили генеральным прокурором, а уже грозите отставкой.
Но Казанник не поддался на уговоры. Тогда я лично позвонил в “Лефортово”, переговорил с ответственным лицом и попросил не выполнять решение Думы хотя бы до согласования с президентом.
— Извините, но ничего не можем сделать, мы подчиняемся сейчас Генеральной прокуратуре, — таков был ответ».[95]
Руцкой и Хасбулатов вышли на свободу.
Разумеется, Казанник не мог поддаться на уговоры Коржакова. Ему даже в кошмарном сне не могло прийти в голову саботировать постановление демократически избранной Думы только лишь потому, что оно не нравится президенту Ельцину. Окружению Ельцина не было дела до того, что Казанник отнюдь не поддерживал защитников Белого дома и не питал симпатий к Руцкому и Хасбулатову. В глазах Бориса Николаевича генеральный прокурор стал пособником мятежников. Что за проклятье — сначала Степанков, а потом Казанник встают на сторону «красно-коричневых», «коммуно-фашистов», которых Ельцину пришлось из танков расстреливать в октябре 93-го… Свой пост Казанник потерял за то, что отказался нарушить закон! В интервью «Независимой газете» Алексей Казанник сказал: «После моей драматической отставки я убедился, что президенту Борису Ельцину нужен карманный, марионеточный генеральный прокурор, который будет выполнять любые, в том числе и незаконные, указания не только президента, но и каких-то клерков администрации».[96] Прозрение пришло к генеральному прокурору слишком поздно. Только после отставки он понял, что российская демократия погибает в младенчестве и в новой ельцинской России