Из своего поражения на выборах губернатора, ставшего неизбежным, Собчак сделал совершенно нелепые выводы. Вместо того, чтобы искать причины краха в самом себе, в своих ошибках на посту мэра, он стал выискивать врагов в собственной команде. В частности, Собчак считал, что одним из главных виновников его поражения был формальный руководитель штаба Александр Владимирович Прохоренко. Позднее Собчак заявил, что Прохоренко создавал ему «антирекламу»[166] и был, по сути, «двойным агентом». Сам Александр Владимирович Прохоренко впоследствии так прокомментировал эти чересчур эмоциональные выпады Собчака в свой адрес: «Конечно, его реакция понятна, но абсолютно неадекватна. Мы все работали на выборах под таким контролем спецслужб, что любая двойная или какая-то еще игра моментально стала бы известна. Просто Собчак так и не сделал выводов из своего поражения и не захотел посмотреть правде в глаза».[167]
Как и следовало ожидать, после поражения Собчака на выборах 2 июня 1996 года «квартирное дело» не только не заглохло, но и стало набирать обороты. У Собчака больше не было «административного ресурса», который позволил бы ему искать защиту от следствия. Уже в 1997 году по делу о коррупции в Смольном были арестованы начальник планово-экономического отдела Главснаба петербургской мэрии Валентина Любина, бывший помощник мэра Собчака по жилищным вопросам Лариса Харченко и начальник аппарата мэра Виктор Кручинин. Следствие было готово предъявить обвинение и самому Собчаку. Не исключалось и взятие бывшего градоначальника под стражу.[168] Юрий Фельштинский и Владимир Прибыловский так реконструируют события: «3 октября 1997 года… Собчак был вызван на допрос в прокуратуру. Ожидалось, что ему будет предъявлено обвинение с последующим арестом. Допустить этого не могли ни демократы, символом которых был Собчак, ни Путин… По просьбе Путина спецотряд быстрого реагирования Регионального управления по борьбе с преступностью (РУБОП) вывез допрашиваемого Собчака прямо из прокуратуры в больницу, где начальник Военно-медицинской академии Юрий Шевченко, человек, близкий к семье Собчака, хороший знакомый Путина, немедленно поставил диагноз, вызвавший тогда серьезные сомнения: обширный инфаркт».[169]
В прокуратуре стали понимать, что благодаря высоким покровителям Анатолий Собчак пытается уйти от правосудия. Сомневаясь в реальности поставленного Собчаку диагноза, следователь Генпрокуратуры Николай Михеев встретился с руководством Министерства здравоохранения России и договорился о независимом медицинском обследовании Собчака.