Когда дата прибытия в Северную столицу бригады московских кардиологов была уже определена, в Санкт-Петербурге неожиданно для следователей Генеральной прокуратуры осуществилась дерзкая операция, которая фактически сделала Собчака неуязвимым для правосудия. 7 ноября 1997 года офицеры питерского РУБОПа забрали Собчака из палаты Военно-медицинской академии и вывезли его в Париж на частном самолете финской авиакомпании Jetflite, зафрахтованном известным музыкантом Мстиславом Ростроповичем. Реанимационный автомобиль с Собчаком и Людмилой Нарусовой въехал прямо на взлетное поле аэропорта «Пулково». Так Анатолий Александрович Собчак стал политическим эмигрантом и прожил в Париже до 12 июля 1999 года, когда дело против него было прекращено с примечательной формулировкой: «За отсутствием состава преступления». Это означало, что Собчак «прощен». Вернувшись на родину, Анатолий Александрович попытался восстановить свое доброе имя, вернуться в политическую и общественную жизнь. Он давал интервью, высказывался на актуальные темы, казался энергичным и здоровым. Собчак принял участие в выборах в Государственную думу в декабре 1999 года, но потерпел очередное поражение — проиграл кандидату от партии «Яблоко» Петру Шелищу.
Бывший мэр Северной столицы, легендарный политик-демократ Собчак скоропостижно скончался в ночь с 19 на 20 февраля 2000 года в гостинице «Русь» в Светлогорске Калининградской области. По официальному заключению, смерть наступила в результате острой сердечной недостаточности. Но, как и следовало ожидать, тут же появились слухи о том, что Собчака убрали, потому что он слишком много знал и обладал компроматом на высокопоставленных кремлевских чиновников. Генерал Александр Васильевич Коржаков в одном из своих интервью высказал свое суждение о причинах скоропостижной кончины Собчака: «…мои коллеги говорили на эту тему сразу же после смерти Собчака, ушедшего из жизни в командировке под Калининградом. Истина будто бы в том, что приезжему политику в номер светлогорской гостиницы привели для развлечения двух местных красавиц. У Собчака, как говорится, взыграло не только ретивое, но и тот орган, который в любом возрасте поддерживает в мужчине мужчину. Собчак же был сердечником и от употребления виагры, считавшейся тогда сильной помощницей в амурных делах, умер. Сердце не справилось с лишней нагрузкой. Другое дело — так ли это все произошло, как твердит молва, или же на тот свет неугодного кому-то политика отправили спецслужбы? Конечно же, они при надобности умеют это делать. Вот и нынче все следователи сбились с ног в поисках отравителя того же Литвиненко. Но мне кажется, что бедный Собчак и впрямь мог умереть, я бы сказал, так легкомысленно. Если бы это было иначе, я имею в виду любые поползновения на его жизнь со стороны соперников по политической борьбе, то Людмила Нарусова такой бы подняла шум на всю Расею-матушку, что от многих полетели бы клочки по закоулочкам. Я ее знаю как суперскандальную бабу».