Утром 20 октября 1999 года на Московском проспекте в результате террористического акта погиб депутат Законодательного собрания Санкт-Петербурга Виктор Новоселов, который после скандальной отставки Юрия Кравцова считался главным претендентом на пост спикера городского парламента. Когда служебный автомобиль «вольво» остановился у светофора на пересечении с улицей Фрунзе, в 9 часов 2 минуты к машине подбежал человек и установил на ее крыше магнитную мину. Однако киллер не успел скрыться — выскочивший из «вольво» телохранитель Новоселова открыл огонь и ранил убегающего мужчину в шею. Истекающий кровью террорист был настигнут уже на противоположной стороне Московского проспекта. Прогремевший взрыв пробил крышу машины, Виктор Новоселов погиб мгновенно, а его водитель был тяжело ранен.
Это было уже не первое покушение на Новоселова. Вскоре после того, как в октябре 1993 года он был назначен начальником Петербургского управления федеральной миграционной службы, в его квартиру позвонили двое неизвестных молодых людей. Когда Новоселов открыл дверь, прогремело три выстрела. Одна из пуль перебила позвоночник, и с тех пор Новоселов был прикован к инвалидному креслу. Тяжкое увечье не помешало ему выиграть выборы в Законодательное собрание, где он стал одним из самых влиятельных депутатов. Его, человека умного и волевого, умеющего стратегически мыслить, настоящего мастера политической интриги, наградили прозвищем «Шелкопряд». Хотя в городе активно обсуждалась версия устранения Новоселова как потенциального спикера, многие не исключали, что он стал жертвой войны преступных кланов. Сам Виктор Новоселов не считал нужным скрывать своих компрометирующих связей с криминальными авторитетами — Владимиром Барсуковым-Кумариным и Константином Яковлевым (Костей Могилой).
Убийство Новоселова породило очередной всплеск «войны компромата». Например, как свидетельствует журналист Борис Мазо, в СМИ всерьез обсуждался вопрос «что мог искать Сергей Миронов в сейфе своего коллеги сразу после взрыва, и делали ничем не обоснованный вывод: “компромат на себя”. Доверчивого читателя просто подталкивали к мысли, что это именно Миронов устранил конкурента буквально в день выборов спикера ЗС».[174] Почти одновременно с убийством Новоселова прокуратура Санкт-Петербурга предъявила Сергею Миронову обвинение по статье 171, часть 1 УК РФ — «превышение власти или служебных полномочий». Обвинение было предъявлено в рамках продолжения расследования дела Кравцова. Следствием было установлено, что Ю. Кравцов три раза, с марта 1996 по апрель 1997 года, выделял издательскому дому «Смена» четыреста миллионов рублей беспроцентного кредита из городского бюджета, причем на одном из документов (о кредите в сто миллионов рублей) стояла подпись С.М. Миронова. Прокурором Санкт-Петербурга Иваном Сыдоруком в Законодательное собрание было направлено представление о передаче уголовного дела в отношении С. Миронова в суд, поскольку, по мнению И. Сыдорука, Миронов «совершил преступление, предусмотренное частью 1 статьи 171 УК РСФСР, то есть, являясь должностным лицом, умышленно превысил свои служебные полномочия, явно выходящие за пределы прав, предоставленных ему законом, и причинил существенный вред государственным интересам».