Трудно менять устоявшиеся научные представления во всех областях знаний. История культуры не представляет в этом каких-либо исключений. Была сделана попытка удержаться в прежней убежденности в том, что это все же произведения 1405 года. Появилась гипотеза, что новый Благовещенский собор выстроен на подклете небольшого Васильевского придела, примыкавшего к погребенному сейчас в земле обширному фундаменту старого собора. Но продержалось это мнение недолго, археологические раскопки показали, что никаких других фундаментов в сторону от собора нет. Он стоит на старом месте, несколько превосходя размерами предшествующее ему строение. Впрочем, выводы собственно об иконах, которые могли последовать из гипотезы о Васильевском приделе, всё равно сталкивались с конкретным и на редкость точным рассказом летописи о пожаре.
Выход из этого лабиринта противоречивых сведений и гипотез, выход, позволяющий как будто разом разрубить загадочный узел, был предложен не защитниками старой идеи, что иконостас все же уцелел в 1547 году и «как-то» размещался в слишком маленьком для него соборе, а, напротив, представителями «скептического» направления. Для того чтобы понять их аргументы, следует еще раз обратиться к некоторым частностям рассказа о пожаре, который уничтожил внутреннее убранство Благовещенской придворной церкви «и иных многих» храмов.
Пожар длился шестнадцать часов, с десяти утра до третьего часа ночи. Выгорело все в Благовещенской церкви и в примыкающей к ней Казенной палате. Сгорели княжеские хоромы и митрополичий двор. «Чюдовский монастырь выгоре весь». Лишь одну икону удалось вынести из Вознесенского. Какие же иконостасы могли уцелеть от пожара, чтобы потом быть перенесенными в княжеский Благовещенский храм? Летопись прямо свидетельствует, что вместе со всеми своими святынями и художественными ценностями уцелел Успенский митрополичий собор. О других храмах Кремля в своем подробном списке потерь летописец не упоминает, из чего следует, что пожар их не повредил. Их было, помимо Успенского, еще три. Успенский собор надо исключить прежде всего. Это была собственность митрополита, во времена Феофана и Рублева здесь не велось больших художественных работ. Загадочный иконостас был бы слишком мал для кафедрального собора всея Руси, тем более точно известно, что его ко времени пожара украшал деисус 1482 года работы Дионисия с помощниками.
Дружина Феофана работала в 1395 году в новой церкви Рождества Богородицы «на княгининых сенях», но в этот небольшой храм нынешний Благовещенский иконостас никак бы не вместился. По той же причине следует выключить из списка мест его возможного происхождения и невеликий по размерам собор Спасского на Бору монастыря. Остается Архангельский собор, также великокняжеский храм, сооружение, о котором точно известно, что в 1399 году «подписывали церковь камену на Москве святого Михаила,