Внутри собора было выделено особое помещение княжеской «гробницы». Здесь покоились строители храма Андрей Боголюбский и Всеволод Большое Гнездо, сын Андрея Глеб, погибший в битве с Ордой Георгий Всеволодович. Здесь звучали когда-то пламенные слова Серапиона Владимирского.
Ко времени приезда Рублева многое из прежде бывшего, первоначального великолепия домонгольской эпохи в соборе уже отсутствовало. Не было и покрывавших полы больших медных плит, что сверкали некогда подобно золоту и привлекли хищные взоры татар. Их заменили уже скромные цветные майоликовые полы. На них-то и устанавливались весной 1408 года леса для работы художников.
Перед Андреем и Даниилом с помощниками стояла непростая задача. Скорее всего, первый раз в жизни им пришлось не расписывать весь храм заново, а лишь восполнить утраты, дописать недостающее, погибшее в огне татарского нашествия. Дело было особо трудное: сохранить старую живопись, а свое вписать без подражания предшественникам, но так, чтобы вся роспись являлась целостно, в единстве художества различных эпох. Чтобы не выглядело их искусство как новая яркая заплата на ветхой одежде.
Художникам предстояло приходить сюда каждый день и работать под этими древними высокими сводами с чувством причастности к жизни многих поколений, к истории, внести, в свой черед, собственный вклад в эту многовековую сокровищницу.
Конец мая и лето 1408 года были солнечными, сухими. Стояла редкая жара при сильном южном ветре. Горячие суховеи рождали бури. При такой погоде легко начинались и распространялись пожары. «Ведрено было вельми тогда, еще же к тому буря и вихорь велик зело», — запишет летописец.
Бездонно синим куполом над белыми владимирскими храмами и зеленым раздольем окрестностей опрокинут безоблачный небесный свод. Серебрится, сверкает внизу под крутояром вода в Клязьме. Но поднимается сухой ветер, и двоящееся марево горячего воздуха окутывает дальние предметы. Нестерпимо для натруженных глаз это сверкание, сияние и струение, когда усталые мастера выходят на роздых из-под прохладной сени соборных сводов.
Впервые для Рублева и иных московских художников, которые привыкли к росписям скромных по размерам каменных церквей, представлялась возможность работать на больших плоскостях, сложно сочетавшихся архитектурных членениях. Особо значительные утраты от пожара 1238 года пришлись на западную часть храма, где под княжескими хорами пылал огонь. Здесь в сводах и арках в соответствии с давним обычаем должно было писать изображение Страшного суда — конца мира.