В-третьих, массовая реконструкция железных дорог потребовала бы резкого сокращения перевозок или даже закрытия ряда железных дорог на время строительных работ. Между тем в Западной Белоруссии и Западной Украине развернулось бурное народно-хозяйственное и военное строительство, которое требовало перевозок. Основная часть оборудования, материалов и сырья для восстановленных и вновь создаваемых предприятий поставлялась из других районов СССР. Отказаться от этого было нельзя, в том числе и по политическим причинам.
В этом заключалась коренная разница между положением в генерал-губернаторстве (бывшая Польша) и в новых западных районах СССР. Немцы попросту ликвидировали большую часть польской промышленности и вывезли оборудование в Германию, ввели жесткий оккупационный режим, практически запретивший полякам пользоваться железнодорожным транспортом, и железные дороги были предоставлены в полное распоряжение армии. На ряде направлений уже в конце 1940 года польские железнодорожники были заменены солдатами. Советский Союз проводил прямо противоположную политику: шло бурное развитие сельского хозяйства и промышленности Западной Белоруссии и Западной Украины. Народнохозяйственные перевозки и поставки брали весомую долю небольшой пропускной способности бывших польских железных дорог. Надо было быстро ликвидировать все последствия польского колониального режима в бывших восточных воеводствах. Немцы за счет жесткого оккупационного режима, разорения польской экономики и фактического запрета полякам пользоваться железными дорогами получали серьезное преимущество в подготовке нападения на СССР, в дополнение к тому, что им досталась лучшая часть бывших польских железных дорог.
Все эти многочисленные разглагольствования на тему, хотел ли Сталин нападать на Германию, спотыкаются уже на этом факте. Советский Союз в предвоенное время не проводил в западных районах ничего похожего на те меры, которые проводили немцы в генерал-губернаторстве. Не было ни милитаризации железных дорог, ни замены железнодорожников солдатами, ни существенных ограничений для гражданских перевозок, ни тем более отмены пассажирского сообщения. В 1940 и в 1941 годах в западных районах осуществлялось обычное регулярное пассажирское сообщение до Бреста, Гродно, Львова. Был даже выпущен справочник с расчетом цен на билеты до этих пунктов.
Тем не менее, при всех спорах и разногласиях между военными и железнодорожниками, работы по реконструкции и перешивке железных дорог начались уже в 1940 году. И они привели к очень существенному падению пропускной способности, даже значительно ниже того уровня, который был в довоенное время. Положение дел неплохо обрисовывается запиской, составленной в НКВД СССР. 17 января 1941 года Народный комиссар внутренних дел СССР Л.П. Берия и начальник Главного транспортного управления НКВД СССР С.С. Мильштейн написали записку о мобилизационной подготовке железнодорожного транспорта