Не были в достаточной степени развиты также крупные железнодорожные узлы. Берия и Мильштейн писали: «Минский узел имеет недостаточное развитие: короткие и слабо развитые пути и горловины, [он] не обеспечен водоснабжением, ввиду этого узел в направлении от Москвы может пропустить только 42 пары поездов, тогда как перегоны этой линии обеспечивают пропуск 96 пар поездов». И далее: «Участок Проскуров – Красне Львовской ж[елезной] д[ороги] после окончания строительства вторых путей в 1941 г. сможет пропустить 48 пар поездов, а Тарнопольский узел только 15 пар… По важнейшим 24 оборонным узлам и основным направлениям (Минск, Полоцк, Ровно, Сарны, Барановичи, Львов, Брест, Шепетовка, Жмеринка, Казатин и др.), на которых ведутся работы по усилению пропускной способности, в 1940 году пропускная способность не увеличена ни на одну пару поездов ввиду того, что начатые работы не закончены». Таким образом, постройка вторых путей мало что давала без развития узловых станций и укладки на них дополнительных путей. Станции превращались в «бутылочное горлышко» всей железнодорожной сети, что вело к забиванию их составами, превращавшимися в прекрасную мишень для немецких бомбардировщиков.
Вообще, работы по увеличению пропускной способности шли медленно: «На железнодорожных линиях Новоград-Волынский – Шепетовка, Шепетовка – Гречаны объем выполненных работ выражается в 5,9 %, Красне – Львов – Перемышль – 14 %, Коростень – Остки – 2,6 %, Одесса – Помощная – 17,6 %, Чудово – Волховстрой – 15,5 %. На участке Петрозаводск – Масельская работы по усилению пропускной способности не начинались», – писали в своей записке Берия и Мильштейн. А это были важнейшие магистрали. Линия Новоград-Волынский – Шепетовка – Гречаны была важнейшей рокадной магистралью, соединяющей Ковельскую и Львовскую железные дороги и обеспечивающей войска всего будущего Юго-Западного фронта. Магистраль Красне – Львов – Перемышль обеспечивала развертывание и снабжение армий в Львовском выступе.
Коснулись в записке НКВД и нехватки подвижного состава: «Для перевозки тяжелых танков требуются 60-тонные платформы. Однако таких платформ на дорогах имеется только 387 штук, из которых в запасе стоят 125. В 1940 году ни одной 60-тонной платформы не построено. Еще хуже дело обстоит с более тяжелыми платформами. Их имеется только 19 штук». И далее: «Комиссионной проверкой состояния паровозов запаса НКПС на Белостокской железной дороге установлено, что прибывшие на дорогу 20 паровозов серии «Щ», из них 10 с Западной железной дороги и 10 с Калининской железной дороги, находятся в неудовлетворительном состоянии». Иными словами, тяжелые танки КВ и КВ-2 – одно из главных преимуществ Красной Армии в 1941 году просто не могли быть ни переброшены в район боевых действий в достаточном количестве, не могли быть эвакуированы при необходимости по банальной причине нехватки тяжелых платформ и паровозной тяги для их перевозки.