Елизавета Петровна тоже очень следила за соблюдением религиозных порядков. В начале ее правления по царскому указу в татарских селах и городках, где вместе с мусульманами проживали вышедшие из их среды новокрещеные, было снесено несколько сот мечетей, дабы не создавать им соблазна возвратиться в мусульманство. Она покровительствовала крещению туземцев Сибири, которое велось довольно жесткими методами. Преследовали раскольников. Были изгнаны во множестве евреи, отказавшиеся принять крещение, подобно тому, как это сделали фамилии выкрестов Шафировых, Веселовских, Евреиновых, наоборот, достигших высокого положения. Поддерживались ею православные в польских землях, вопреки свирепому желанию римского папы прикончить наконец «схизматиков». А богатым пожертвованием на церковь можно было в глазах императрицы отмолить многие грехи.
Но при всем том государыня встала на защиту академика, и дело осталось для него без последствий. Конечно, дочери Петровой было не совсем удобно такое пренебрежение пожеланиями церковников. Однако, как сообщают мемуары Ивана Шувалова, ее сумел окончательно разубедить морганатический муж, Алексей Разумовский, имея сведения о киевских похождениях молодого Лодьи, и наполовину в шутку сказавший ей: «…а то он и к тебе ночью придет».
В особенности же бешенство церковников вызвал появившийся вскоре после того анонимный «Гимн бороде», в котором чувствовалась твердая и искусная рука академика. Распространявшийся в списках «Гимн» содержал детальное описание техник, благодаря которым, начиная со времен мистиков Гаруна аль-Рашида и Раймунда Луллия, борода активно применялась в делах чернокнижия. Разумеется, даже досужему обывателю было ясно, что бритый академик вряд ли создал поэму на основе личного опыта и тем защищен от обвинений в колдовстве. С другой стороны, там порицались неучи, использующие бороду лишь для накопления крошек от еды, вместо того чтобы распоряжаться ею во славу Отечеству.
«Без мозгов, а с бородой!» — говорилось в «Гимне». Вряд ли подобный пассаж относился к деревенским мужикам, которым мозг и не требуется, а кроме них только одна категория в России имела безвозбранное право носить бороды — люди церкви.
— Да он колдун похуже Брюса! — возопили обиженные архиереи, но ухватить обидчика не могли.
В 1755 году науки и искусства, казалось, достигли в России своего апогея — был по проекту Ивана Шувалова, разработанному Лодьей, учрежден Московский университет, о чем мечтал еще царь Борис Годунов. Образована Московская академия художеств. Создавались новые школы. Однако темные предчувствия иногда охватывали Лодью, заставляя его мрачнеть в опасении за будущее Отечества.