Помимо поэтических творений Лодья продолжал развивать мозаичное искусство, вкладывая в свои произведения не только необычайное умение, но и нечто еще, невыразимое и величественное. Именно тогда он создал самое известное мозаичное свое полотно: «Взятие Полоцка Иоанном Грозным в 1563 году». В этой картине был явственный намек на возвращение русскими властителями утраченного во время Батыева нашествия отеческого наследия, к каковому Лодья относил и восточнопрусские земли, некогда подчинявшиеся славянским князьям. Именно оттуда, из западных прибалтийских земель он выводил и основателя первой русской династии — князя Рюрика. И, конечно, православные части Польши, которые России надлежало потребовать у союзников после победы над пруссаками, в оплату за помощь, оказанную Вене в возвращении богатой Силезии.
Иоанн на картине Лодьи, впрочем, выглядел совсем не православным воителем — он казался на ней темным колдуном, каким, вероятно, и был… Он был подобен, по выражению академика, «темной сердцевине сияющего пламени русского величия».
Естественно, что те, кого Лодья задевал в своих произведениях даже намеками, не стали молчать: они тут же принялись дружно хулить и поносить академика.
В новом журнале «Трудолюбивая пчела», выходившем под редакцией известного литератора Сумарокова, Лодья подвергся обвинению и в занятии темными делами, и в богохульстве, и даже в невежестве… Большая редакционная статья «Долой науку!» велеречивым слогом описывала бескрайнее русское поле, выгоды бытия великой зерновой державой, содержала живописные очерки о том, как сладко щупать на заре румяных деревенских девок и в какую хорошую цену идут они на астраханском торгу у хивинских купцов… Крайне отрицательно отзывались тут о дымных и грязных заводах, пышущих адской топкой литейных, темных пропастях шахт, приравнивая всю эту скверну к проискам нечистого.
Как раз в это время всесильному Петру Шувалову, как и предсказывал Гавриил Степанович, пришлось срочно строить новый железоделательный завод, дабы обеспечить материалами продолжающиеся боевые действия. При строительстве печей его консультировал Лодья. Благодаря этому сияющие белым и зеленым пламенем печи в рекордно быстрые сроки пролили в изложницы первые струи расплавленного металла.
«Казалось, раскаленная печь, где кипит металл, — это его бог, которого он достиг, он сам — языческий жрец в кожаном фартухе, а струя жидкого огня, истекающая из домны, это сакральное жертвоприношение!» — такое интересное воспоминание о маститом академике, явившемся налаживать производственный процесс, оставил мемуарист того времени, побывавший на пуске завода.