Между русскими и австрийцами все чаще возникали противоречия: Суворов предлагал наступать непосредственно на Францию, стратеги из венского гофкригсрата считали это слишком рискованным. Вдобавок их начало беспокоить влияние, которым благодаря своим победам стали пользоваться русские в Италии. Бесконечные ссоры между союзниками привели к тому, что Суворов, брошенный австрийцами, решился на отчаянный шаг — знаменитый переход через Альпы, ставший великолепным, но все же отступлением. Поведение союзников и разгром французами корпуса Римского-Корсакова привели к тому, что эксцентричный Павел I отдал войскам приказ возвращаться домой. В политике Петербурга произошел резкий поворот в сторону сотрудничества и даже союза с Францией. Австрия — во многом по собственной вине — вновь оказалась в изоляции.
К тому времени в Вене разразился политический кризис. Дальновидный эрцгерцог Карл настаивал на том, что громоздкая военная машина монархии, равно как и ее финансы, нуждается в серьезных реформах, без которых успешно противостоять Франции невозможно. Император и его советники опасались Карла, в котором многие в Австрии видели потенциальную замену нерешительному и слишком консервативному Францу. Эрцгерцога принуждали не заниматься политикой и сосредоточиться на чисто военных вопросах. Он не мог согласиться с этим и подал в отставку. Вдобавок в 1800 г. закатилась звезда барона Тугута, определявшего внешнюю политику монархии в первые годы правления императора Франца. Образовался вакуум власти, венский двор погрузился в трясину интриг. Тем временем Наполеон, который вернулся из Египта и совершил в ноябре 1799 г. военный переворот во Франции, в качестве первого консула республики развернул контрнаступление на итальянском фронте.
14 июня 1800 г. основные силы французов и австрийцев сошлись в битве при Маренго. Австрийская армия, обладавшая численным перевесом, начала теснить противника, и ее командующий, старый фельдмаршал Мелас, даже отправил в Вену гонцов с вестью о победе, но вовремя подоспевшая колонна генерала Дезе ударила австрийцам во фланг и тыл, решив исход сражения в пользу Наполеона. Полгода спустя, 3 декабря, генерал Моро, пользовавшийся репутацией лучшего после Бонапарта полководца Франции, нанес австрийцам жестокое поражение у Хохенлиндена в Баварии. Французы вошли в Тироль, безопасность Вены вновь оказалась под угрозой. Война была проиграна.
9 февраля 1801 г. представители Австрии и Франции подписали мирное соглашение в Люневиле. Согласно его условиям, восстанавливались все приобретения Франции, закрепленные за ней в Кампо-Формио; кроме того, французская граница перемещалась к Рейну, мелкие германские князья, потерявшие свои владения на левом берегу этой реки, должны были получить компенсацию за счет правобережных земель. Так начался процесс передела земельных владений в западной и южной Германии, завершившийся окончательным распадом и исчезновением «Священной Римской империи».