Заседания Регенсбургского рейхстага закончились в марте 1803 г. принятием итогового постановления специальной комиссии (Reichsdeputationshauptschluss), согласно которому карта и внутреннее устройство древней империи менялись кардинальным образом. Прежде всего в невиданных до тех пор масштабах проводилась секуляризация церковных владений, число германских князей-епископов сокращалось с 81 до 3! Не менее впечатляющим было лишение 45 из 51 имперского города их статуса. Эти города, как и многие другие мелкие субъекты империи, подлежали медиатизации — переходу из непосредственного подчинения империи в ведение других ее субъектов. Поскольку этот процесс проходил под наблюдением и даже давлением со стороны Франции, неудивительно, Что наибольших территориальных приобретений добились те Германские государства, которые поддерживали с Парижем союзнические или добрососедские отношения — Пруссия, Бавария, Баден и Вюртемберг.
В 1803 г. таким образом завершился первый этап создания «третьей Германии» — дружественной Франции группы немецких княжеств, которая служила одновременно буфером и противовесом Австрии и Пруссии. Тем самым «Священная Римская империя» была обречена на скорую смерть. К тому же благодаря происшедшим изменениям впервые в истории большинство в коллегии курфюрстов получили протестанты, что грозило Габсбургам в будущем потерей императорской короны. Помешать этому разгромленная Австрия никак не могла. Ей оставалось лишь приспосабливаться к новым условиям.
Когда летом 1804 г. во Франции в результате плебисцита Наполеон был провозглашен наследственным императором, Франц II, в свою очередь, объявил об учреждении титула австрийского императора в своих родовых землях и стал носителем этого титула под именем Франца I. Был учрежден именно титул императора, но не империя, поскольку по внутриполитическим причинам Франц не мог уничтожить Венгерское и Чешское королевства как самостоятельные, с формально-юридической и исторической точек зрения, государственные образования. Наоборот, титул австрийского императора был сопряжен с титулами венгерского и чешского короля. Как писал Франц I эрцгерцогу Иосифу, «титул императора будет закреплен за представителями австрийского правящего дома, но ни название, ни статус стран, входящих в состав монархии, не изменятся». Собственно говоря, «старый новый» император под давлением обстоятельств всего лишь законодательно оформил то, что давно уже было историческим фактом, а именно — зависимость влияния и веса Габсбургов в европейской политике от «этой империи (Австрийской. —