Кстати, перед смертью кронпринц оставил и своего рода политическое пророчество, написав Марии Валерии: «Однажды, когда папа навсегда закроет глаза, в Австрии станет очень неуютно. Я слишком хорошо знаю, что произойдет, и советую вам после этого уехать». Возможно, это был намек на Франца Фердинанда, племянника императора, который после смерти Рудольфа стал вторым по очередности наследником — а фактически первым, поскольку его отца, тихого и набожного Карла Людвига, никто не брал в расчет. С Францем Фердинандом у Рудольфа одно время были приятельские отношения, но затем между ними произошел разлад.
Родителям Рудольфа сообщили о гибели наследника через несколько часов. Характерно, что ни примчавшийся из Майерлинга со страшной новостью приближенный кронпринца граф Хойош, ни генерал-адъютант императора граф Паар не нашли в себе мужества самим сказать о случившемся Францу Иосифу. Пошли к императрице. Именно она и рассказала мужу обо всем. После этого венский двор повел себя так, как, наверное, и следовало ожидать от Габсбургов: было сделано все возможное, чтобы «не запятнать репутацию династии», а значит — скрыть обстоятельства-смерти наследника престола, о баронессе Вечера же не упоминать вовсе. (Родственникам приказали похоронить девушку как можно скорее и с соблюдением строгой тайны, что и было сделано.) Майерлинг оцепили жандармы. После того, как тело наследника торжественно перевезли в Вену, а формальное Расследование было закончено, уютный охотничий домик, как и его бывшего обитателя, ждала смерть: он был отдан в распоряжение женского монастыря и капитально перестроен, причем на месте спальни, где прошли последние минуты жизни Рудольфа и Марии Вечера, оказалась часовня, а на месте кровати, где нашли их тела, поставили алтарь. Несколько раз в годовщину гибели сына Франц Иосиф и Елизавета приезжали туда и подолгу молились.
По распоряжению свыше австрийские газеты писали о смерти наследника глухо и невнятно, хотя за границей вовсю смаковались подробности трагедии в Майерлинге — зачастую искаженные невероятным образом. В первые дни февраля 1889 г. между Веной и папским престолом шли интенсивные переговоры о том, чтобы позволить похоронить Рудольфа — убийцу и самоубийцу — по католическому обряду. На этих переговорах в ход был пущен весь арсенал политических ухищрений, граничащих с шантажом. В конце концов злополучный наследник был, как и остальные Габсбурги, погребен в склепе церкви капуцинов. Изуродованную выстрелом голову венчала белая повязка, кое-как прикрытая траурными венками.