В июне 1888 г., процарствовав всего три месяца, умер от рака гортани германский император Фридрих III — либерально настроенный монарх, которого Рудольф глубоко уважал и с которым надеялся, став императором, изменить облик Европы. Преемник Фридриха, Вильгельм II, был ровесником кронпринца, но отношения между ними не сложились с момента знакомства. Рудольф стал высказываться против союза с Германией, которой теперь правила, по его выражению, «горячая голова», за что получил новую выволочку от отца. Наследник все чаще впадал в депрессию и мечтал о смерти. «С каждым годом я старею, становлюсь все менее свежим и работоспособным, — жаловался он, — ведь неизбежная ежедневная деятельность, вечная подготовка и ожидание больших перемен притупляют творческие силы». Своим приближенным он признавался, что чувствует себя закоренелым неудачником, планам которого не суждено сбыться. Одной из своих любовниц, даме полусвета Мицци Каспар, Рудольф предложил вместе с ним покончить жизнь самоубийством; Мицци, далекая от столь мрачных настроений, подняла его на смех.
Зато подобные мысли, видимо, пришлись по душе другой близкой знакомой кронпринца — юной баронессе Марии Вечера. 17-летняя девушка влюбилась в Рудольфа, окруженного, несмотря на довольно заурядную внешность, славой покорителя сердец, романтика и бунтаря. Марш сознательно пошла на сближение с наследником — роль сводницы при этом сыграла некая графиня Лариш, по слухам, сама бывшая когда-то любовницей Рудольфа, — однако именно он выглядит в истории их недолгих отношений циничным и бессердечным. Романтическая версия смерти Рудольфа и Марии, согласно которой влюбленные покончили с собой, поняв, что не могут рассчитывать на развод принца со Стефанией и последующий морганатический брак с Марией (которая якобы была беременна), не выдерживает критики. О Марии ровным счетом ничего не говорится в предсмертных письмах Рудольфа; он практически не упоминал о ней и в разговорах с друзьями. Хотя в последние годы жизни наследник престола действительно задумывался над тем, как официально покончить с браком, которого фактически уже не существовало, едва ли он намеревался развестись именно из-за Марии Вечера. Вряд ли усталый, больной и пресыщенный 30-летний мужчина мог до такой степени увлечься молоденькой баронессой.
Как бы то ни было, 30 января 1889 г. в охотничьем домике Майерлинг под Веной раздались выстрелы. Приближенные Рудольфа нашли его в спальне мертвым с раной на голове, произведенной, как потом удостоверили врачи, выстрелом в правый висок. Рядом лежало тело Марии Вечера — также со смертельным огнестрельным ранением. Судя по всему, Рудольф застрелился через несколько минут после того, как убил свою любовницу — возможно, с ее согласия. Тем не менее ни одна из бесчисленных книг и статей о трагедии в Майерлинге, вышедших за минувшие с того времени сто с лишним лет, не может похвастаться ни основанной на неопровержимых доказательствах реконструкцией случившегося в спальне кронпринца, ни убедительным обоснованием причин смерти Рудольфа и Марии. Упоминались и личные, и политические мотивы, предполагалось даже, что самоубийство наследника на самом деле было убийством — то ли, как сказали бы сегодня, «заказным», толи случайным (чему противоречит тот факт, что Рудольф заранее написал предсмертные письма жене, матери, сестре и друзьям; для отца у него не нашлось ни строчки). Много раз обыгрывалась загадочная фраза, проскользнувшая в одном из писем — о том, что только смерть «может спасти мое доброе имя». И все же события в Майерлинге остаются исторической загадкой, которая, видимо, никогда не будет разгадана до конца.