Стремясь направить активность наследника в определенное русло, Франц Иосиф поощрял его интерес к военным вопросам. После 1906 г. военная канцелярия Франца Фердинанда, шефом которой стал способный и энергичный майор А. Брош фон Ааренау, приобрела значение второго генерального штаба. Соперничество ее сотрудников с офицерами генштаба, возглавляемого Конрадом фон Гетцендорфом, было тем более острым, что взгляды Франца Фердинанда и Конрада на роль армии и военную политику монархии заметно отличались. При всей своей решительности наследник престола оставался последовательным противником военных авантюр и рассматривал армию как важнейший элемент внутреннего единства монархии, главную опору и оружие императора, которое необходимо держать всегда готовым к бою, — но в первую очередь с внутренним, а не с внешним врагом. Не будет большим преувеличением сказать, что наиболее вероятным противником императорских и королевских вооруженных сил эрцгерцог считал скорее венгров, нежели русских, сербов или итальянцев.
Поэтому вынашиваемые Конрадом планы превентивной войны против Сербии и Италии раздражали эрцгерцога, возможное же столкновение с Россией он и вовсе считал гибельным для обеих монархий: «Война с Россией — это для нас конец... Неужели австрийский император и русский царь должны свергнуть друг друга и открыть путь революции?» Пророческое замечание... В то же время осенью 1911 г., когда над Конрадом сгустились тучи, Франц Фердинанд отправил императору письмо в защиту начальника генштаба, в котором отмечал: «Да не допустит Господь войны, — а я есть и всегда буду против нее, — однако мы должны быть готовы ко всему, а у меня нет никого, кроме генерал-фельдмаршала Конрада, кто бы пользовался [в этой области] моим полным доверием».
И Конрад, и Франц Фердинанд усердно заботились о перевооружении и боевой подготовке армии и флота. Последний являлся предметом особых забот наследника, который в 1902 г. был произведен императором в адмиралы. Во многом его стараниями на развитие флота выделялись дополнительные средства, на которые строились новые боевые корабли; один из них получил в 1909 г. имя «Эрцгерцог Франц Фердинанд». Два года спустя наследник участвовал в церемонии спуска на воду крупнейшего военного корабля в истории Австро-Венгрии — дредноута водоизмещением свыше 20 тысяч тонн. К началу Первой мировой войны под императорским флагом на Адриатике, в портах Пула и Котор, находились уже четыре дредноута («Святой Стефан», «Вирибус унитис», «Тегетхофф» и «Принц Евгений»), 8 линейных кораблей, 7 тяжелых крейсеров, 55 торпедных катеров и 6 подводных лодок. Конечно, этот флот не мог составить конкуренцию британскому или германскому, но его оказалось вполне достаточно для того, чтобы успешно противостоять главному сопернику Австро-Венгрии на море — Италии.