Эрцгерцог интересовался и внешней политикой, однако здесь у него было меньше простора для действий: Франц Иосиф считал дипломатию своей епархией и любил самостоятельно принимать важнейшие решения в этой области. Консервативное политическое мышление наследника престола отразилось и на его внешнеполитической концепции: Франц Фердинанд считал возможным и необходимым не только ставший традиционным союз с Германией, но и сближение с Россией, т. е. постепенный возврат к «союзу трех императоров». Неудивительно, что действия Эренталя, спровоцировавшего боснийский кризис, вызвали резкую критику со стороны эрцгерцога: «К чему нам эти дешевые лавры, если из-за этого может возникнуть европейский конфликт, а затем, быть может, война на два или три фронта, которую мы вести не в состоянии?» Наследник и в дальнейшем настаивал на необходимости мира для сохранения монархии и проведения назревших внутриполитических реформ.
С Вильгельмом II, чья империя оставалась главным союзником Австро-Венгрии, Франц Фердинанд поддерживал ровные приятельские отношения. Они были на «ты», хотя в переписке эрцгерцог обращался к императору «Ваше Величество». Вполне вероятно, что Вильгельм «купил» расположение Франца Фердинанда своим почтительным и благожелательным отношением к его жене, с которой многие Габсбурги вели себя демонстративно холодно. После этого эрцгерцог изменил свой взгляд на германского императора, о котором в молодости не раз отзывался довольно критически. В то же время политические воззрения Гогенцоллерна и Габсбурга далеко не совпадали. Если Вильгельм II был ярым противником всего славянского и именно в славянах видел главную угрозу целостности дунайской монархии и интересам Германии, то Франц Фердинанд, как уже говорилось, опасался прежде всего венгров. Особенно неприязненным было отношение эрцгерцога к венгерскому премьер-министру И. Тисе, которого он считал воплощением надменности, национализма и сепаратистских устремлений мадьярской аристократии. Стань наследник императором и королем, эта разница во взглядах союзников могла бы оказать большое влияние на ход европейской истории...
В последний раз Вильгельм и Франц Фердинанд увиделись 12 июня 1914г., когда кайзер побывал в гостях у эрцгерцога в Конопиште. Позднее в странах Антанты распространялись слухи о том, что во время этой встречи обсуждались агрессивные военные планы центральных держав и, по сути дела, была подготовлена Первая мировая война. Утверждалось даже, что Вильгельм и Франц Фердинанд якобы договорились «о признании Германией одного из сыновей эрцгерцога будущим наместником или даже королем южной части триединой монархии Габсбургов»