Союз с императором заставлял Альбрехта хлопотать о ликвидации церковного раскола. Он поддержал решения Констанцского собора, покончившего с «великой схизмой», и признал избранного собором единого папу Мартина V. Вскоре после этого австрийский герцог начал борьбу с чешскими протестантами-гуситами, принесшую ему репутацию «бича еретиков».
Массовое движение гуситов — последователей пражского теолога Яна Гуса (1369—1415) — вылилось в целую серию войн, сотрясавших Центральную Европу на протяжении полутора десятилетий — с 1419 по 1434 г. Гус развивал идеи английского философа и теолога Джона Уиклиффа, который проповедовал возврат к простоте и демократичности раннего христианства. Главными положениями учения Уиклиффа, подхваченными Гусом, были право свободного толкования Священного Писания, перевод богослужения с латыни на современные языки, осуждение церковной иерархии, призыв к бедности церкви. Основным обрядовым требованием гуситов стало причащение под обоими видами, хлебом и вином, для всех верующих, а не только для клира. Символом гуситского движения поэтому являлась чаша для причащения (отсюда название умеренного гуситского течения — чашники). Радикальная часть гуситов — табориты — придерживалась идей своеобразного христианского коммунизма. Кроме того, в гуситской программе были сильны этнические элементы, поскольку к тому времени в Чехии обострились противоречия между коренным населением и многочисленным немецким меньшинством, обосновавшимся в чешских землях в средние века.
В 1420 г. Сигизмунд и его католические вассалы, в том числе Альбрехт V, побуждаемые Римом, организовали первый крестовый поход против гуситов, но их усилия не увенчались успехом. Гуситам удалось создать мощную регулярную армию, которая раз за разом наносила сокрушительные поражения цвету европейского рыцарства. После очередного разгрома, в 1431 г. в сражении у Домажлиц, католическая Европа вынуждена была начать переговоры с упорными еретиками. Представители гуситов приехали на Базельский собор, и вскоре были выработаны условия для компромисса. Император Сигизмунд был признан королем Чехии.
Незадолго до смерти Сигизмунд начал готовить передачу власти своему зятю. В 1437 г. Альбрехт был провозглашен королем Венгрии, а год спустя — римско-германским королем. С Чехией вышло сложнее: часть гуситского дворянства и представители других сословий, помня давнюю враждебность Альбрехта к их вере, отказались признать его королем и выдвинули своего кандидата — польского принца Казимира Ягеллона. Габсбургу снова пришлось взяться за оружие. Обладая неплохими полководческими способностями, он нанес противнику поражение и стал немедленно готовиться к новой военной операции — против турок, чье влияние на Балканах непрерывно возрастало. Однако выступить в очередной крестовый поход Альбрехту было не суждено: в октябре 1439 г. он заболел холерой и умер в Венгрии. Смерть Альбрехта V/II стала событием, на много десятилетий отбросившим Габсбургов от подлинного европейского могущества.